的征召檄文又來了，我不敢不扶病上路，但考慮消除賊寇的辦法不外乎剿滅或招安，現在剿滅和招安兩種辦法都不得當，我不得不鬥膽直言。
“剿滅賊寇不怕他人多，怕他流竄。
重巒疊嶂都是賊兵的聚集點，官兵還沒到他就先跑掉了，所以不好消滅他，原因在于官兵人手少。
掌權者并不是不知道官兵人少，隻是因為糧草不足，所以做那種得過且過的打算，天長日久，延續到現在，即使多湊饷，多派兵力，也已經無法挽救了。
我認為應該合計賊兵到底有多少，應該用多少官兵，多少糧饷，估計夠用時，再審察地利，或者正面進攻，或者奇兵襲擊，或者打埋伏，或者走小路，或者打擊賊兵首尾，或者沖擊賊兵左右，這樣我不相信還會有不能立即消滅的。
“其次就是推行堅壁清野的辦法，把賊兵困于死地，然後才能談論招安。
群賊拖家帶口，沒有城栅，沒有辎重，晚上在湖北早上就到了陝西，在中原地帶輾轉覓食，以剽掠為生。
假如讓附近鄉村的居民遷入城中，城中準備精兵火器等着他，賊兵衣食不足，容易用完，生路一斷絕，就會如同飛鳥一樣驚逃，如老鼠一樣亡命了。
然後朝廷派遣精銳部隊，占據要害打擊他們；或者陛下體察愛惜生靈的善心，殺掉賊首，寬恕那些脅從的百姓，這樣無害于愛人之德，無損于朝廷尊嚴就消除了賊寇，這才是剿滅、招安的好辦法呀。
”
崇祯皇帝十分稱贊他的主意，把他的奏議交給有關部門讨論執行，但最終還是沒能使用他的計策。
不久萬年出任孤山副總兵，駐守平涼。
這個時候，總督洪承疇迫于六個月消滅賊寇的限期，急于進戰。
将領們看到賊兵多官兵人少，都自己猜想打賊兵不過，但勢不得已。
萬年和副将劉成功、柳國鎮，遊擊王錫命聯合了三千官兵，于六月十四日到達甯州襄樂一帶遇上賊兵展開大戰，斬敵數百人。
突然伏兵出來把他們包圍了幾層。
萬年、國鎮拼死相戰，體力不支，都陣亡了。
成功、錫命帶着重傷逃回來，士卒死了一千多人。
朝廷得知後按規定對萬年給予了追贈和撫恤。