寬派副将李輔明悄悄跟蹤在他們後邊。
賊寇去攻打确山，祖寬等急忙趕去營救，把賊寇打得大敗，斬獲五百八十多首級。
自成等于是東走廬州，把廬州城圍攻了七個晝夜。
第二年正月，祖寬等人趕來，賊寇就竄到全椒，後來包圍了滁州。
南京太仆卿李覺斯、知州劉大鞏竭力抵抗，接着祖寬等部隊來了，他們大聲喊叫着奮勇殺戰，各路部隊無不以一當百，從早晨激戰到午後，賊寇大敗。
從城東追殺到關山的朱龍橋，賊寇屍體橫七豎八地躺滿了，河水也無法流淌。
二月，祖寬又跟着總理盧象升在七頂山打敗賊寇，差不多把自成的精兵給消滅光了。
象升移兵向南陽去的時候，命令祖寬駐守鄧州。
當賊寇渡過漢江進入鄖陽、襄陽後，餘下的三萬人潛藏在内鄉、淅川一帶的山中，象升命令祖寬與祖大樂等入山搜剿。
邊方的士兵兇猛、憨直，性子跟别的兵不同，法規無法約束住他們。
過去官兵中大多是關中人，跟賊寇是同鄉，兩軍對陣，他們相互問候，甚至抛牲口，棄辎重，故意把賊寇給放走，稱這是“打活仗”。
邊方的士兵跟他們語言不通，見到賊就殺，所以經常打勝仗。
但是他們所過之處焚燒房屋，奸淫婦女，仗着戰功，毫不收斂；又喜歡野戰，害怕搜山；并且看到賊寇遠竄，不是十天半月可以打下時，就自認為是客将，沒有長久堅持的信念。
祖寬的士兵在剛過河以後就一哄而逃，象升再三鼓勵，他們才接受命令。
到了黨子口就又停下不走了。
總兵李重鎮一向懦弱，隻想推卸責任，所以大家更加想回去。
象升于是極力向朝廷陳述入山搜剿的困難，請改派祖寬、重鎮赴關中讨賊去。
正好總督洪承疇也這樣奏請，祖寬等于是奉命移軍陝西，隸承疇麾下。
八月，京師受到進攻，朝廷召他進京防衛。
經評定他在滁州的戰功，升他當了右都督，賞了他若幹銀币。
京師的戰事平息後，朝廷派他到甯遠協助守城。
十一年(1638)冬天，朝廷傳令祖寬率兵增援京師郊區。
等山東告急時，祖寬逗留不前。
第二年正月，濟南失守，祖寬被落職逮捕，因為失陷領土的罪行，最後被殺掉了。
祖寬作戰勇敢，屢立戰功，稱得上是一員猛将。
但他性情剛烈，愛發脾氣，得不到文職官員的喜歡，所以最後被判死刑，也沒人為他辯護。