問可法，可法把福王不行的七點原因告訴他們。
但馬士英已經與黃得功、劉良佐、劉澤清、高傑發兵護送福王到儀真，于是可法等人前往迎接福王。
五月初一，福王訪孝陵、奉先殿，出外住在内守備府，群臣上朝拜見福王，福王害臊想避開，可法說“：王不要回避，應當認真接受臣子的朝見。
”福王上朝後，開始讨論戰守的問題。
可法說：“福王您應當身穿孝服，住于郊外，發兵北征，來向天下顯示您一定要報國家之仇的道理。
”福王連聲說是。
第二天朝見之後，大臣們出來讨論福王監國的事，張慎言說：“國虛無主，福王就此可以即皇位。
”史可法說“：太子生死不明，如果有一天太子到南邊來了怎麼辦？”誠意伯劉孔昭說“：今天已經說定了，誰敢再有更改？”可法說：“慢慢再說吧。
”于是大家退出。
第三天，福王監國，朝廷推選内閣大臣，大家都推舉史可法、高弘圖、姜曰廣。
孔昭揎拳攘臂想入内閣大臣的行列，群臣用本朝沒有勳臣入閣的先例阻止了他。
孔昭憤憤地說“：就算我不能，馬士英為什麼不能入閣呢？”于是又一并推舉馬士英為内閣大臣，又讨論填補大臣的空缺，推選了鄭三俊、劉宗周、徐石麒。
孔昭推選阮大铖，史可法說“：先帝親自定他為違逆案犯，不要再說了。
”過了兩天，任命可法為禮部尚書兼東閣大學士，同士英、弘圖是一起任用的，可法仍然掌管兵部的事務，士英仍然督軍鎮守鳳陽，于是和北京過去一樣又制定了京軍制度，侍衛部隊和錦衣衛各軍都列入軍隊進行操練，錦衣衛東西兩司房，以及南北兩都的撫司官，不再全部設立，以防止告密，安定人心。
這個時候，馬士英一天到晚想當首輔大臣。
等到朝廷的命令發布後，他非常惱怒，就把可法以前列舉福王不該立的七條理由進呈給福王。
然後帶兵入見福王，遞上奏章就走了。
可法于是請求統帥軍隊，外出鎮守淮、陽兩地。
十五日，福王即位。
第二天，可法入朝辭别，被加封為太子太保，改任兵部尚書、武英殿大學士。
士英就在這一天入朝值勤，讨論把江北劃分為四鎮，東平伯劉澤清管轄淮、海等地，駐軍泗水，經理開、歸一路。
總兵官劉良佐統轄鳳、壽等地，駐紮在臨淮，經理陳、杞一路。
靖南伯黃得功統轄滁、和等地，駐軍廬州，經理光州、固始一路。
可法動身後，就派遣使臣尋訪已故帝、後的靈柩以及太子、二王所在的地方，并奉命前往祭告鳳、泗二陵。
可法離開後，士英、孔昭等更加肆無忌憚。
孔昭因為慎言推舉吳生生，在大殿上鬧鬧嚷嚷，并持刀追殺慎言。
可法聽說此事派騎兵上書勸解，孔昭最終卡住不讓任用吳生生。
可法祭二陵完後，上書說“：陛下剛登位時，恭恭敬敬地拜見孝陵，哭泣之聲足見您心中的悲哀，路上的行人也為之感動。
如果您親自拜見鳳、泗二陵，看到滿目蒿萊，無雞鳴狗吠的凄慘景象。
想必會更加悲憤。
我希望陛下能善始慎終，身居于高大舒适的宮殿時，能想到東北皇陵中先帝魂魄不能安息；享受宮廷的美餐時，能想到東北的皇陵中連麥子稀飯都沒擺上一碗；當得到瑞應之圖、吉祥符..時，能想到先帝儲才防敗，怎麼還會忽然遭遇危亡？早朝晏席結束時，能想到先帝一生克儉克勤，怎麼最終還是國破家亡？陛下如果辦事小心謹慎，任何時候都不懈怠，已故皇上、皇後還有列祖列宗都會在冥冥之中幫助我朝中興。
假如晏樂、偏安于東南一隅，不考慮長遠的策略，不辨賢人和奸人，決策不夠靈活、明達，使老成的官吏離職而去，英雄豪傑裹足不前，列祖列宗在地下抱怨、擔心，天命在不知不覺中他向轉移，那麼東南一隅也是無法保住的啊！”福王贊揚并回答了他。
得功、澤清、高傑争着想要駐軍揚州。
高傑率兵先到揚州邊界，一路大肆奸淫擄掠，所經之地屍橫遍野。
城中開始懼怕，登上女牆守備，高傑攻打了兩個月。
澤清也在淮上大肆掠奪。
臨淮不接納劉良