佐的軍隊，也遭到攻擊。
朝廷命令史可法前往勸解，得功、良佐、澤清都聽從命令，于是，到高傑那裡去。
高傑一向懼怕史可法，聽說可法要來，他連夜掘出近百個土坑埋葬地面上的屍骸。
第二天早上來到軍營中拜見可法，臉色和言辭都變了，汗流浃背。
可法卻坦誠地接待他，跟他的偏将講話也用溫和的語氣，高傑喜出望外，然而從這以後他也有點輕視可法，開始用自己的優勢兵力防護左右，文檄也一定自己過目後才肯傳遞。
可法簡單地把他們的情況上報給福王，又把他的兵力駐守在瓜洲，高傑對此又非常高興。
等他離去後，揚州得以安定下來，可法于是在揚州開設府署。
六月，大清軍隊打敗了反賊頭領李自成，自成放棄北京率兵向西逃跑，青州等各郡縣開始争先恐後地殺死他設立的僞官，占據城堡自衛。
可法請求皇上頒布監國、登極兩個诏書，安撫山東、河北軍隊和百姓的思想。
并開設禮賢館，招收各地有才智的人，讓監紀推官應廷吉主管此事。
八月，可法外出巡視淮安，檢閱澤清的兵馬。
返回揚州，向朝廷請求糧饷，作為進取北方的費用。
士英吝啬不肯送發，可法上疏皇帝催促他。
借此對皇上說：“近來人才日益減少，入官門路日益混亂，由此慕名之心勝而務實之心少，議論的事情很多但成功的事情很少。
現在的局勢更和以往不同。
一定要專心于讨伐亂賊，報複國仇才行。
除卻籌兵籌饷不應有什麼别的議論，除卻治兵治饷沒有人才之可言。
如有撿拾空虛詞句，謀取高官厚祿的人，有罰無赦！”福王報以鼓勵的诏書。
當初，可法擔心高傑蠻橫不法，派得功在儀真駐軍防備他。
九月初一，得功與高傑兵戎相加，高傑理虧。
靠着可法的和解事情才得以解決。
北京原來投降反賊的大臣們此時紛紛南下回朝，可法上書建議說：“原籍在北方的大臣，應該讓他們到吏部、兵部聽候錄用，否則恐怕會使他們南下回朝之心絕滅。
”又說“：北京的禍變，凡屬臣子的都有罪愆。
在北方的官吏如果都應當跟先帝一道去死，難道在南京的都不是先帝的大臣？即如我可法不才，在南京主管樞機，士英沾了國恩擔任鳳陽總督，都沒有能率領東南的全部優勢兵力迅速支援北都。
鎮守大臣澤清、高傑因兵力不能支持，倒過來向南方逃跑。
如此說來，先應該追究的，是我們這些大臣的罪過。
竟然因為聖明的陛下您入繼王位，不僅沒加誅殺，而且一次次得到恩典。
南方的大臣如此，而單單對于在北方的大臣們毫毛不放，一概繩之以法，豈不是閑散小吏，罪責反比南樞、鳳督還要重大了嗎？我以為應該選擇那罪狀顯著的降官，嚴加懲治，以示指教。
如果大臣未曾接受亂賊的任命，或曾受亂賊刑罰的，可以撇開不加問罪。
那些在北方逃避戰亂，猶豫多時而後才到朝廷來的，允許他們戴罪入官，讨伐敵人，這些人可以到我領的軍隊裡酌情錄用。
”朝廷經議論聽取了他的意見。
高傑駐兵揚州，很不馴服，可法對他開誠布公，用君臣的大義啟發、開導他，高傑終于感悟，接受上方的領導。
十月，高傑率領軍隊北讨，可法到清江浦，派遣官吏在開封屯田，為經略中原地區做準備。
各鎮兵力劃分防守地區。
從王家營向北到宿遷一帶最為要沖，可法親自負責，沿黃河的南岸築起了一道保壘。
十一月四日，可法乘船駐于鶴鎮，信使報告大清部隊已進入宿遷地區，可法率兵進抵白洋河，命令總兵官劉肇基前往支援。
大清部隊回頭攻打邳州，肇基又援助當地駐軍，與大清軍相持半個月才解邳州之圍。
當時，李自成逃往陝西，還未滅亡，可法請求皇帝頒布讨賊诏書，奏章中說：
“自今年三月以來，仇敵還在眼前，朝廷卻不加剿滅，過去晉朝建都南京，君臣日思夜想要恢複中原，而僅僅保住江南而已；宋朝南渡後，君臣盡心盡力想保守楚、蜀，而僅僅保住臨安而已。
這樣說來，偏安隻能是為恢複而退步，沒有志在偏安，就