定隻征練饷，下等災害的二十八個州縣拖延到秋收後催征。
十四年懋第外出負責督辦漕運，赴任途中飛章進言說：“我從靜海走到臨清，一路上看到百姓饑餓而死的有十分之三，病疫而死的十分之三，做了盜賊的十分之四。
米一石值二十四兩白銀，人死後活人拿他來吃了充饑，希望陛下為下邊的小百姓來考慮考慮吧！”又上書講“：我從魚台到南陽，一路上看到流寇殺人放火，鄉村、城市都化作一片廢墟。
其他餓死病死的百姓，屍體堆在河邊，使河水都不能流淌了，對百姓的赈濟怎麼可以不立即進行呢？”過後他又陳述了安撫百姓消除賊寇的策略，請求丈量荒田，清查逃亡戶口，給流民以生存的喜樂，鼓勵他們耕種的心思。
懋第又上書講“：我在運河沿岸辦事一年，經常召見父老鄉親詢問他們的疾苦，都說到練饷的害處。
三年來，農民在田野裡抱怨，商旅在路途上叫苦，這麼重的攤派，所訓練的又是怎樣的部隊呢？部隊在哪裡呢？剿滅盜賊，守衛邊疆，效果體現在哪裡呢？幹什麼使民心瓦解到這般境地呢？”又講“：我去年冬天到宿遷碰到漕臣史可法，他講到山東一石米值二十兩銀，而河南竟貴到一百五十兩，漕運儲備很有欠缺。
朝廷的意見不收折算的錢物，要收取實物田賦。
現在淮州、鳳陽一帶小麥豐收，如果收取山東、河南的錢物換成小麥轉運，豈不是非常有利的事？過去劉晏制定過轉易的辦法。
今年黃河以北大豐收，山東東昌、兖州二府也好收成。
假如拿出國庫銀二三十萬兩撥給那裡的有關部門及時收購，對于國家财政是有利的。
”莊烈帝立即命令讨論實施。
懋第幾經升遷，做了刑科左給事中。
十六年秋天，懋第外出視察長江防線。
第二年五月，福王即位，任用他為兵科都給事中，不久提升為右佥都禦史，巡撫應天、徽州等府。
當時大清兵接連打敗李自成，朝廷決定派遣使節跟大清和好，難于選擇這樣的人選。
懋第的母親陳氏死于河北，懋第想借此機會安葬母親，便主動要求前往。
朝廷于是任用懋第為兵部右侍郎兼右佥都禦史，與左都督陳弘範、太仆少卿馬紹愉一起去，同時讓懋第經營黃河以北，聯絡關東各部隊。
馬紹愉原來是兵部的郎官