廷推選内閣大臣，禮部侍郎錢謙益因為同事周延儒正因為論事受到皇上的寵愛，擔心和自己一起推薦上去自己就會落選，于是打算阻止他被推薦的可能性。
式耜是謙益的門人，就為謙益向當權者遊說，要大家把延儒排斥不予推選。
而把謙益排在第二位。
溫體仁于是首先告發了他們，延儒也幫着他說話。
謙益被免除官職，式耜因此被貶了官。
式耜曾經頌揚過貴甯參政胡平表殺賊的功績，請求提升他。
後來平表做貴州布政便，因辦事不謹慎被罷官。
式耜因此又被貶官二級，也就是罷官在家了。
很久以後，常熟的一個奸民張漢儒迎合溫體仁心思，攻擊謙益、式耜貪婪、放肆、不守法。
體仁在朝中做主，下令法司逮捕他們治罪。
巡撫張國維、巡按路振飛先後上書為他申冤，崇祯皇帝沒有聽取他們的意見。
等到他們兩人下獄後，體仁已經罷官，案件稍稍緩解。
謙益因此削去了官籍。
式耜用錢贖罪出獄。
谏官上書推薦式耜，崇祯皇帝沒有采納。
十七年(1644)，福王在南京即位。
八月起用式耜做應天府的府丞。
後來，提升為右佥都禦史，代替方震孺巡撫廣西。
第二年夏天，他剛抵達梧州，就聽到南京城被打下。
靖江王亨嘉打算僭取皇位，召式耜見他，式耜拒絕了他沒有去，而且傳檄文給思恩的參将陳邦傳要他幫助把守，阻止了狼兵過去，不要聽從亨嘉的調遣。
亨嘉到梧州，劫持了式耜，把他囚禁在桂林，并派人去取回他的敕印。
開始，式耜主張立桂端王的兒子安仁王。
等到唐王監國後，式耜認為按照輩份、排行他不應該立為皇帝，就沒有奉表勸進，到現在被亨嘉囚禁在這裡了，就派遣使者前去為唐王祝賀，并請求幫助。
唐王高興起來，而這時亨嘉遭受丁魁楚的攻擊，形勢難堪，就隻好釋放了式耜。
式耜與中軍官焦琏召邦傳一同捉拿了亨嘉，叛亂才平定下來。
唐王提升式耜為兵部右侍郎，協助管理軍事，暫時由晏日曙代理着。
式耜沒有入朝，而是退居廣東去了。
順治三年(1646)九月，大清兵打下了汀州。
式耜與丁魁楚等人決定立永明王由榔為皇帝，于是到梧州迎接永明王，于十月十日在肇慶監國。
永明王晉升式耜為吏部右侍郎、東閣大學士，兼管吏部事務。
不多久，贛州失敗的消息傳來，司禮王坤逼迫永明王前去梧州。
式耜竭力阻止，沒有成功。
十一月初一