，蘇觀生在廣州擁立唐王聿钅粵。
式耜于是同丁魁楚等約定迎接永明王回肇慶，派遣總督林佳鼎抵禦蘇觀生的部隊，林佳鼎戰敗死了。
式耜到峽口檢閱部隊去了。
十二月十五日，大清兵打下了廣州。
王坤催促永明王西逃。
式耜前往追趕永明王，永明王已越過梧州向西去了。
四年正月，大清兵打下了肇慶，逼近梧州，巡撫曹晔迎降。
永明王請求前去湖廣依靠何騰蛟。
丁楚魁、呂大器、王化澄都離開永明王各自走散，隻有式耜以及吳炳、吳貞毓等跟從在身邊，于是從平樂抵達桂林。
二月，大清兵襲擊平樂，同時分出兵力奔赴桂林。
永明王打算逃往全州，式耜極力陳述桂林的形勢，請求永明王留下來，永明王不聽。
式耜請求讓自己留下來守衛桂林，永明王同意了。
同時提拔他為文淵閣大學士，兼兵部尚書，賜給他尚方寶劍，給了他便宜行事的權力。
平樂、濤州相繼被打下，桂林的形勢很危險。
總督侍郎朱盛濃逃往靈州，巡撫禦使秦延泰逃往融縣，布政使朱盛氵調、副使楊垂雲、桂林知府王惠卿以下的官員都逃跑了，隻有式耜與通判鄭國藩、縣丞李世榮以及都司林應昌、李當瑞、沈煌仍然留在這裡。
永明王任命兵部侍郎丁元晔接替盛濃，禦史魯可藻取代延泰。
他們還未動身，大清兵已于三月逼近桂林，派幾十個騎兵突然進入了文昌門，登上城樓俯視式耜的公署。
式耜趕忙命令援将焦琏抵禦。
當初，永明王有一次被賊兵捉住，焦琏率領隊伍攀上爬牆，進去砸壞枷鎖把他救了出來。
永明王病得不能走路，焦琏就背着他走。
永明王因此感激焦琏，就借他打敗清江王的戰功，讓他做了參将。
到這個時候焦琏在桂林守禦作戰達三個月，功績最大，元晔、可藻也盡了力。
式耜冒着敵人射來的箭和打來的木雷石，與士兵們同甘共苦。
老天連續下雨，城牆被澆壞了，官兵們面無人色，式耜仍然平靜地監督守城，所以官兵們沒有投降的想法。
援兵來讨軍饷，趁機起哄，式耜把倉庫中的東西全拿出來還不夠，他的妻子邵氏捐出簪珥幫助湊。
不久焦琏的部下官兵不和，一哄而散，桂林城幾次差點被打下來。
正好這時陳邦彥等人攻打廣州，大清兵退出向東去了，桂林才得以保全。
焦琏也收複了陽朔和平樂，陳邦傳也從浔州出兵收複了梧州。
永明王聽到捷報，封式耜為臨桂伯，焦琏為新興伯