馬理，字伯循，三原人。同鄉尚書王恕居家講學著書，馬理從他交遊，受到他的指教。楊一清督察學政，見馬理、呂木冉、康海的文章，大加贊賞說：“康生善于文章，馬生、呂生精通經學，都是天下才子。”馬理鄉試中舉，進入國學，與呂木冉及林慮馬卿，榆次寇天叙，安陽崔銑、張士隆，同縣秦偉等，每日切磋學問，名震京都。高麗使者仰慕他們，把他們的文章抄錄帶回本國。馬理因父母相繼去世，未參加科舉考試。安南使臣到京後，問主事黃清：“關中馬理先生在哪裡，為何沒有做官？”外國人對他如此敬重。
正德九年(1514)中進士。當時楊一清為吏部尚書，立即提升馬理為稽勳主事。告假歸家。後起任考功主事。與郎中張衍瑞等勸阻皇帝南巡。皇帝不僅不采納他們的意見，而且令他們跪在宮殿門口，施以杖刑，奪去俸祿。不久，馬理又告假返鄉，在家鄉教授生徒，向他求學的人很多。嘉靖初年，起任馬理為稽勳員外郎，與郎中餘寬在朝廷大殿上争論大禮問題。皇帝下诏将其逮捕入獄，再施以杖刑，剝奪俸祿。其後多次調任考功郎中。已故戶部郎中莊繹，正德時首次引導劉瑾考核天下庫藏。劉瑾敗，莊繹也被削職。現在又有人奏請核查，當權者提出讓馬理擔任此事。馬理堅持不可，查核之事也就此停止了。嘉靖五年(1526)，考察地方官吏，大學士賈詠、吏部尚書廖紀出于私怨，要除去廣東副使魏校、河南副使肖鳴鳳、陝西副使唐龍。馬理力争，指出：“此三人督察學政，名著天下，一定要除去三人，就請把我馬理除掉。”三人終免于罷職。第二年考核京官，罷黜張璁、桂萼黨羽吏部郎中彭澤，而璁、萼竟得到皇帝的同意，留用彭澤。馬理提升為南京通政參議，請求辭官而去。在家閑住三年，起任光祿寺卿，不久又告假回家。十年以後，再度起用為南京光祿寺卿。不久告老還鄉。嘉靖三十四年，陝西地震，馬理與妻皆蒙難。
馬理的學問道德純正深厚，居喪以古禮及司馬光《書儀》、朱熹《家禮》的規定折衷使用，與呂木冉并為關中學者的宗師。穆宗即位，贈右副都禦史。天啟初，追谥忠憲。