耊和南京給事中戴銑等六人，禦史薄彥徽等十五人，守備南京武靖伯趙承慶、府尹陸珩、尚書林瀚，都因傳遞呂羽中，劉耊的奏疏而獲罪，陸珩、林瀚被勒令辭職，趙承慶被削去一半俸祿。
南京副都禦史陳春，禦史陳琳、王良臣，主事王守仁，又因救戴銑等人而被貶職或杖打。
劉瑾權勢日益嚣張，他吹毛求疵地挑官員們的細微過失，四處派出校尉，遠近偵探，還不許别人相救說情，他于是專作威福，把親信宦官派往各邊塞鎮守。
在叙大同功時，他提升官校達一千五百六十餘人，還傳聖旨給數百人授予錦衣官。
《通鑒纂要》編成，劉瑾誣陷翰林編修官們抄寫不清，使他們都受到了譴責。
而後他命文華殿書辦官張駿等人重抄，給予越級升官，張駿由光祿寺卿升為禮部尚書，其他有幾個被授予高級京官，甚至連裝潢工匠雜役之人也得以授官。
他創用枷法，給事中吉時，禦史王時中，郎中劉繹、張玮，尚寶卿顧璇，副使姚祥，參議吳延舉等人，都被抓住小錯，枷到快死了才解下枷鎖，遣去戍邊，其他被枷死的無數。
錦衣衛獄中關滿了囚徒。
他讨厭錦衣衛佥事牟斌善待囚犯，将他杖打并不準他再出來做官，府丞周玺、五官監候楊源被杖打至死。
楊源就是當初借星象有變上書谏言，請加罪給劉瑾的那位。
劉瑾每次奏事，總是趁皇上正在玩遊戲的時候。
皇上心煩他，趕緊揮手讓他走開，說“：我用你幹什麼？别來攪我！”從此劉瑾便獨斷專行，不再彙報皇上。
二年(1507)三月，劉瑾召集群臣，讓他們都跪到金水橋南，然後宣布奸黨名單。
大臣則有大學士劉健、謝遷；尚書則有韓文、楊守随、張敷華、林瀚；各部屬官則有郎中李夢陽，主事王守仁、王綸、孫磐、黃昭；詞臣則有檢讨劉瑞；言官則有給事中湯禮敬、陳霆、徐昂、陶諧、劉耊、艾洪、呂羽中、任惠、李光翰、戴銑、徐蕃、牧相、徐暹、張良弼、葛嵩、趙士賢，禦史陳琳、貢安甫、史良佐、曹闵、王弘、任諾、李熙、王蕃、葛浩、陸昆、張鳴鳳、蕭乾元、姚學禮、黃昭道、蔣欽、薄彥徽、潘镗、王良臣、趙佑、何天衢、徐珏、楊璋、熊卓、朱廷聲、劉玉等，都是海内号稱為忠誠正直的人。
他又令六科官員寅時入朝工作，酉時退朝下班，使他們得不到休息，借以懲罰他們，他下令不要動辄便給文臣诰封，對文官要嚴加約束。
甯王朱宸濠圖謀不軌，賄賂劉瑾請求重給護衛。
劉瑾給