南京時，與守備太監韓贊周關系親密。
京師失陷後，顯貴的宦官都南奔，阮大铖通過韓贊周都與他們結交上了，他對群閹談東林黨當年之所以傾危貴妃、福王的原因，希望他們對福王提起，借以排擠史可法等人。
群閹更極口稱贊阮大铖有才華，士英也說阮大铖從山中投書與他，制定謀策，還為他辯白，說他實沒有依附大..魏忠賢，為其策劃。
于是福王命阮大铖冠帶朝見。
阮大铖于是獻上守江之策，上陳三要、二合、十四隙奏疏，并自述自己孤忠被陷害，痛诋孫慎行、魏大中、左光鬥，而且指責魏大中為大逆。
于是大學士姜曰廣、侍郎呂大器、懷遠侯常延齡等人都說阮大铖是逆案巨魁，不可召用。
士英為阮大铖上奏辯解，極力攻擊姜曰廣、呂大器，還拉上宗室朱統翷、建安珠統镂之輩，接連上疏攻擊。
士英還認為大學士高弘圖為禦史時曾诋毀東林黨，一定會支持他，便說“弘圖一定知道臣的為人”。
高弘圖卻說先帝欽定逆案一書，不可擅改。
士英與他争辯，高弘圖遂請罷免。
士英心意稍稍受挫，遲疑了一個多月，用安遠侯柳祚昌的推薦，發中旨起用阮大铖為兵部添注右侍郎。
左都禦史劉宗周說“：殺魏大中的是魏閹，阮大铖是其主使。
即使他才能果然足以使用，臣擔心這種黨邪害正之才，終會贻害世道。
阮大铖此番進退，實關系江左的興亡，乞請停罷這一成命。
”有聖旨嚴厲斥責他。
不久，阮大铖兼任右佥都禦史，巡閱長江防線。
不久轉為左侍郎。
第二年二月進升為本部尚書兼右副都禦史，仍巡閱長江防線。
呂大器、姜曰廣、劉宗周、高弘圖、徐石麒都與士英有矛盾，先後被罷免回家。
士英獨握大權，内倚宦官田成之輩，外結勳臣劉孔昭、朱國弼、柳祚昌、鎮将劉澤清、劉良佐等人，而專聽阮大铖之計。
他盡起逆案中的楊維垣、虞廷陛、郭如暗、周昌晉、虞大複、徐複陽、陳以瑞、吳孔嘉；已死的人都給贈官和撫恤，而與張捷、唐世濟等人比同；像張孫振、袁弘勳、劉光鬥都在先朝時得罪，這時又把他們安置在言路，作為爪牙。
朝政混亂，賄賂公行。
四方警報不斷傳來，士英身掌中樞大權，一無籌劃，每天專以鏟除正人引進兇黨為務。
當初，舉朝以逆案攻擊阮大铖，阮大铖非常憤恨。
後來見到北都依從為逆的諸臣中有附會清流的人，他便倡言道：“他們攻擊逆案，我就造順案與他們相對。
”這是因為李自成的僞國号叫順。
士英随即上疏彈劾從逆的光時亨等人。
光時亨屬于東林黨，所以從重彈劾他。
阮大铖又誣陷并逮捕顧杲和左光鬥的弟弟光先下獄，彈劾并殺了周镳、雷演祚。
當時有個狂僧叫大悲，出語不類，被總督京營戎政趙之龍逮捕，阮大铖想誅殺東林黨以及與他素不相合的人，便造十八羅漢、五十三參之名目，寫上史可法、高弘圖、姜曰廣等人的姓名，塞進大悲的袖中，海内有名望之士，無不羅列其中。
錢謙益先已上疏歌頌士英，而且還為阮大铖訴冤修好了，但阮大铖恨猶未消，也把他列入，将要究治他的事。
獄詞詭秘，朝士人人自危。
而士英不想造大案，于是判大悲犯妖言之罪斬首而止。
張缙彥以本部之兵首先從賊，賊寇失敗後，張缙彥竄回河南，自稱要收集義勇收複各城，即被授予