黃鼎等人，有的行同豬狗，有的罪等叛逆，都被用來當道。
自己做首輔，又用心腹阮大铖為添注尚書。
“他還招募死士埋伏在皇城，詭名為禁軍，動辄便說廢立由我決定。
陛下即位之初，恭敬儉樸，明察仁斷，士英千方百計進行迷惑，進獻優童豔女，傷損聖德。
還引用阮大铖，以睚眦之怨殺人，像雷演祚、周镳等人，被嚴刑拷打，株連蔓引。
尤其過分的，是他代理三案為題，凡是他生平所不快意的人，一網打盡。
天下士民，因此而重足而立，喪魂落魄。
如今皇太子到，授受分明。
阮大铖一手握定，抹殺認識太子的方拱乾，而相信朋比為謀的劉正宗，忍心将十七歲的嗣君，關進監獄，凡有血氣之人，都想寸磔士英、大铖等人，以謝先帝。
乞請将他們處死，陳屍于市場，傳首各地，以抒民憤。
”奏疏上呈後，他便引兵東下。
士英害怕了，便派阮大铖、朱大典、黃得功、劉孔昭等人抵禦左良玉，而撤回江北劉良佐的軍隊，随他西上。
當時大清兵南下推進，大理寺少卿姚思孝，禦史喬可聘、成友謙請不要撤江北兵，從速守衛淮安、揚州。
士英厲聲叱道：“你們這幫東林黨，還借口防江，你們想放左逆入京犯上嗎？北兵到了，還可以和談。
左逆一到，則你們這幫人得高官，而我君臣卻要死了。
”他力排姚思孝等人的意見，淮、揚的防禦更弱了。
正值左良玉死，他的兒子左夢庚接連攻陷郡縣，率兵到達采石。
黃得功等人與他相持不下，阮大铖、劉孔昭卻虛張捷報，以邀封賞，而大清兵已經攻破揚州，逼近京城。
五月三日，福王出走太平，奔向黃得功軍。
劉孔昭斬關逃走。
第二天，士英帶上王母妃，以四百名黔兵護衛，逃向浙江。
經過廣德州時，知州趙景和懷疑有詐，閉門拒守。
士英攻破州城，抓住趙景和并殺了他，大肆搶掠而去。
跑到杭州後，守臣以總兵府做母妃的行宮。
沒過幾天，阮大铖、朱大典、方國安也都倉皇到來，得知黃得功已兵敗而死，福王被擒。
第二天，請潞王監國，潞王不接受。
不久，大兵到來，潞王率衆投降，不久同母妃北去。
潞王就是呂大器等人所議要建立為帝的人。
杭州投降後，士英想拜谒監國的魯王，魯王諸臣極力反對他。
阮大铖到金華投靠朱大典，也被士民所逐，朱大典于是把他送入嚴州總兵方國安軍中。
士英與方國安是同鄉，先已在他軍中。
阮大铖到後掀髯指掌，每天談兵，方國安很高興。
而士英認為南渡之壞，一半由于阮大铖，自己卻背上惡名，所以頗為恨他。
後來，我軍擊敗士英、方國安。
不久，士英、方國安率衆渡過錢塘江，窺視杭州，大兵将其擊敗，溺江而死者無數。
士英擁殘兵想進入福建，唐王因他罪大不準許。
第二年，大兵清剿湖賊，士英與長興伯吳日生都被擒獲，诏令将他們斬首。
事見國史。
阮大铖偕同謝三賓、宋之晉、蘇壯等人赴江岸乞請投降，随從大兵攻打仙霞關，阮大铖僵仆石上而死。
而野史記載士英逃到台州山寺為僧，被我兵搜獲；阮大铖、方國安先後投降。
不久唐王逃到順昌。
我大兵追到，搜查龍扛，獲得士英、阮大铖、方國安父子請王爺出關做内應的奏疏，遂将他斬殺于延平城下。
當時阮大铖正在遊山，自觸石頭而死，于是将他戮屍。