貴州的撫按官上疏朝廷時就判然有别，四川的撫按官認為楊應龍沒有什麼可以審核的罪狀，而貴州的撫按官則認為四川官員有徇私隐瞞楊應龍罪行的意圖。
于是給事中張希臯等人認為此事非同小可，事關四川、貴州兩省的利害，請求朝廷會合兩省官員從公心出發，一同審核此事，不要造成成見。
十九年，葉夢熊主張播州所管轄的五個司全改由流官治理，隸屬重慶，與李化龍的意見又絕然不同。
李化龍于是因有嫌疑而遭排斥。
楊應龍原本就是一個猜忌狠毒之人，倚仗自己有兵好殺人，他所管轄之下五個司的七大姓都叛離了他。
他的寵妾田氏不僅屠殺了他的妻子張氏，還累及到張氏的母親。
他妻子的叔叔張時照與部下的何恩、宋世臣等人一起向朝廷報告緊急事變，密告楊應龍謀反。
葉夢熊請求朝廷發兵征剿，而四川的士大夫都認為四川三面與播州相鄰，楊氏家族的後代和屬下的人數在四川是以十以百計，全靠楊應龍來管束彈壓的，況且楊應龍的土兵骁勇善戰，朝廷數次征調他們都立有功勞，将他們剪除掉不是長久之策。
因此，四川的撫按官員一緻主張招撫。
朝廷讨論後命令對楊應龍進行勘查，楊應龍表示願意到四川去接受審查，而不願到貴州。
二十年(1592)，楊應龍到重慶接受審訊，按法律他應當被斬首，他請求願出二萬金贖罪。
禦史張鶴鳴正辨别審問他的罪狀，碰到倭寇大舉入侵朝鮮，朝廷廣征天下的軍隊，楊應龍便上奏朝廷，願帶五千軍隊前去征讨倭寇以替自己贖罪。
皇帝下诏釋放了他。
他率軍隊已經啟動出發了，不久下面的官府上報說楊應龍已罷兵不出了。
巡撫王繼光，嚴厲提審調查此事，楊應龍抗命不出。
張時照等人又到朝廷上奏此事，王繼光對楊應龍用兵的提議便被通過。
二十一年，王繼光到重慶，與總兵劉承嗣等人分兵三路向婁山關進發，屯駐在白石口。
楊應龍假裝約定日期投降，而帶領苗族土兵占據關隘沖擊官軍。
劉承嗣兵敗，其部下被殺死殺傷一大半。
碰到王繼光被定罪罷官，官軍即撤兵，丢棄的辎重幾乎都被搶光。
貴州的軍隊前去協助進剿，也無功而返。
這時，四川新上任的巡撫譚希忠與貴州的鎮巡官和巡撫再商量進剿事務，禦史薛繼茂主張招撫他。
楊應龍向朝廷上書自白，派遣其同黨攜帶金子進入京城行賄，将原奏者何恩綁到綦江縣。
二十二年(1594)，兵部侍郎邢..總督貴州事務。
二十三年，邢..到達四川，察覺永甯、酉陽都有楊應龍的姻親，黃平、白泥等地則長期以來對楊應龍有深仇大恨，覺得應該剪除楊應龍的餘黨。
于是他便發檄文給楊應龍，隻要他前來認罪，可以不處死他。
此時正好又碰上水西宣慰安疆臣替其父親安國亨請求舉行撫恤典禮，兵部尚書石星寫下手劄出示給安疆臣，要他到楊應龍那裡催促楊應龍到官府認罪，便可赦免楊應龍的罪行。
安疆臣便帶着手劄前往播州招撫楊應龍。
此時，七姓大族害怕楊應龍出去後得以赦免罪行，因為四方的亡命之徒都逃竄、藏匿在該地區，倚仗楊應龍的反叛從中取利，因此，對朝廷官府過往的驿卒和文書，總是設置障礙阻攔。
邢..便傳文給重慶知府王士琦，讓他到綦江催促楊應龍到安穩聽候審訊。
楊應龍派其弟弟楊兆龍到安穩，建好館舍，儲備好幹糧，到郊外叩頭迎接王士琦，按禮儀隆重地向他敬獻豬牛羊等禮物，并說：“楊應龍已将下面的罪魁禍首綁縛起來，在松坎等待判罪。
楊應龍之所以不敢到安穩來，就是害怕墜入安穩的仇人所設下的無法預測的災禍之中。
請求閣下到松坎去接受楊應龍的認罪。
”王士琦說“：松坎以往也是上奏勘查之地。
”便一個人騎馬前往。
楊應龍果然雙手反綁着立于道旁，見到王士琦後哭着請求免己死罪，情願幫朝廷收執其他罪人，獻上罰金，讓自己享受安國亨的境遇。
安國亨，也是以往遭到攻讦，因對自己的罪行感到害怕而不出自己的地界的人，所以楊應龍引用他的例子來比照自己。
王士琦為此向邢..請示，邢..答應了楊應龍，楊應龍便将黃元等十二人綁縛起來獻給官府。
官府驗明以後，将黃元等人抵楊應龍的死罪，判楊應龍輸送四萬金子幫助采伐樹木以贖自己的罪，革去楊應龍的官職，讓他的兒子楊朝棟代理他的職務，他的次子楊可棟留在官府追贖其父的罪行，黃元等人在重慶鬧市被斬首，總督将此事處理結果上報朝廷。
此時倭寇還沒有消滅幹淨，兵部想對楊應龍緩一手以專事東方的倭寇；朝廷也因為楊應龍以往積有功勞，就同意了總督的處理結果，在松坎設置同知來治理該地，任命王士琦為川東兵備副使，負責彈壓、治理該地區的事務。
楊應龍獲寬大處理後，對所犯的罪行更不思悔改。
不久，楊可棟在重慶去世，楊應龍就更加痛恨官府。
他敦促官府将其兒子的屍體送回來歸葬，沒有結果。
官府傳文書給他，要他交完贖罪的金錢，他大言不慚地說：“我的兒子能活過來，銀子就送到。
”他帶兵驅趕一千多僧人替他兒子招魂；