在建樓，清正正在播種，島上的倭人正在儲淡水，索讨朝鮮地圖，顯然是做長期占領的打算，邢..于是決心用兵。
麻貴沿鴨綠江往東進發，所統領的軍隊僅一萬七千人，請求朝廷給他增派兵力。
邢..認為朝鮮的軍隊隻習水戰，便上疏朝廷請求招募四川、浙江的軍隊，并調遣薊、遼、宣、大、山、陝五地的軍隊和福建、吳淞的水軍，讓劉纟廷總督川、漢兩地的軍隊聽候進剿的命令。
麻貴悄悄地報告說等宣、大兩地的軍隊到朝鮮時，乘倭軍不備，突然掩殺釜山的倭軍，則行長必被擒，清正必逃跑。
邢..以為這是奇計，便傳令楊元屯駐南原，吳惟忠屯紮忠州。
六月，倭軍數千艘戰船停泊在釜山，戮殺了朝鮮的郡守安弘國，逐漸逼近梁山和熊川。
沈惟敬率領兩百營兵，在釜山出入。
邢..表面上是慰藉沈惟敬等人，暗地裡傳檄給楊元，讓他襲擊并收執沈惟敬，将他縛捆到麻貴的軍營中。
沈惟敬被執則倭軍的向導便開始斷絕了。
七月，倭軍奪取梁山和三浪，于是入侵慶州和閑州。
統制元均的軍隊潰散，閑山于是失守。
閑山島是朝鮮西海口，它是南原的右屏障，是全羅的外藩之地。
閑山島一旦失守則朝鮮沿海就無守備可言，天津、登州、萊州的船皆可揚帆直達。
明朝的水軍三千人剛抵達旅順，閑山島遭陷落後，經略傳檄文給朝鮮的明軍，要他們守衛王京西面的漢江和大同江，扼住倭軍西下的要道，兼防運輸道路。
八月，清正包圍了南原，乘夜突然發動攻擊，守将楊元逃走。
此時守衛全州的陳愚衷離南原僅一百裡路。
南原向他告急時，陳愚衷卻不敢救，聽到南原已被攻破的消息後，陳愚衷也棄城逃跑。
麻貴派遣遊擊牛伯英趕來援救，與陳愚衷的軍隊會合後，屯駐公州。
倭軍于是進犯全州，逼近王京。
王京是朝鮮八道的中心，其東是烏嶺和忠州，其西是南原和全州，彼此道路相通。
自從南原、全州失守後，東西兩面全是倭軍，我守軍兵力單薄，就退守王京，依漢江天險阻止倭軍。
麻貴向邢..請示，想放棄王京退守鴨綠江。
海防使蕭應宮以為不能這樣，從平壤星夜兼程趕往王京制止。
麻貴發兵守住稷山，朝鮮也調遣都體察使李元翼從烏嶺出忠清道，攔擊倭賊的前鋒。
邢..也親自趕赴王京，這樣人心才安定下來。
邢..招參軍李應試問該怎麼辦，李應試問皇帝和朝廷大臣有什麼打算。
邢..說“：陽戰陰和，陽剿陰撫。
政府的八字密劃，你可不要洩露啊！”李應試說：“這樣就容易了。
倭人反叛是因為對處分朝鮮感到絕望，他們不敢殺死楊元，就是還希望朝廷處分朝鮮。
直接派人告訴他們說沈惟敬沒死，他們定會退兵。
”李應試便請求讓李大谏出使到行長那裡，馮仲纓出使到清正那裡，邢..同意了。
九月，倭寇到達漢江，楊鎬派張貞明持沈惟敬的手書前去倭寇軍營，責怪他們動兵，違犯了靜候處分的約定。
此時行長和正成兩人也擔心清正輕舉妄動，便退軍駐紮到井邑。
麻貴于是向朝廷上報說在青山、稷山取得大捷。
蕭應宮揭發道：“倭寇是看了沈惟敬的手書而退的兵，青山、稷山并未打仗，怎麼能談功勞呢？”邢..、楊鎬為此很惱怒，于是彈劾蕭應宮對敵恐懼畏縮，不敢親自押送沈惟敬，将蕭應宮逮捕問罪。
十一月，邢..所征調的軍隊已經集結，皇帝将國庫中的金帛拿出來犒勞軍隊，給邢..賜予尚方寶劍，派禦史陳效做邢..的監軍。
邢..大會諸将之後，将軍隊分為三個協。
楊鎬和麻貴率領左右兩協軍隊從忠州、烏嶺向東安出兵，直奔慶州，專門攻打清正。
派李大谏出使到行長那裡，讓他不要去救援清正。
邢..又派中協的軍隊屯駐在宜城，往東可支援慶州，往西則扼守全羅。
再派剩下的軍隊與朝鮮的軍隊一起彙合，佯攻順天等地，以牽制行長，不讓他去支援清正。
十二月，明軍在慶州會合。
麻貴派黃應賜去賄賂清正，與他講和，而自己率大軍掩殺到他的軍營裡去。
此時倭寇屯駐在蔚山，蔚山城背靠山險，中間隻有一條江與釜寨相通，其陸路由彥陽通釜山。
麻貴想專門攻打蔚山，又怕釜山的倭軍從彥陽趕來救援，便多布置疑兵，又派遣将領遏住水路，于是進逼倭寇的堡壘。
遊擊擺寨以輕騎将倭軍誘入伏擊圈内，斬殺敵人四百多名，俘虜了敵軍勇将，于是乘勝攻下了兩個栅寨，倭軍被焚燒而死的不知其數。
之後，倭軍逃奔到島山，連築三個栅寨。
第二天，遊擊茅國器統領浙江的軍隊率先登上栅寨，接連攻破了這三個栅寨，斬殺和俘虜敵人甚多。
倭軍于是堅壁不出戰。
蔚山比島山高，石城很堅固，我軍仰攻多有損傷。
諸将便商量說“：倭寇水道受阻，糧饷難繼，隻要将他們圍困起來，清正則可不戰而俘。
”楊鎬認為此計不錯，于是分兵将他們包圍了十天十夜。
倭軍甚餓，假裝準備投降以緩和明軍的攻擊。
不久，行長的援兵大批而來，将繞到明軍的背後襲擊明軍。
楊鎬還來不及下命令，就自己策馬往西逃奔，結果各軍全部潰散，隻好撤軍回王京，士兵損失了二萬多人。
皇帝聽說此事後，深受震怒，便罷了楊鎬的官，讓他聽候審核處理，派天津巡撫萬世德代理他的職務。
此事詳見《楊鎬傳》。
二十六年(1598)正月，邢..認為前次戰役是因缺乏水軍才導緻無功，便更加招募江南的水兵，想從海上運送過來，作為在朝鮮持久作戰的考慮。
二月，都督陳王..率領湖廣的軍隊，劉纟廷率領四川的軍隊，鄧子龍率領浙江、直隸的軍隊先後到達朝鮮。
邢..将軍隊分成三協，下又設置水陸四路，每路派一員大将統領。
中路由如梅統領，東路由麻貴統領，西路由劉纟廷統領，水路由陳王..統領，各自守衛汛地，相機進剿。
此時倭軍也分為三窟，東路由清正率領，占據着蔚山；西路由行長統領，占據着粟林和曳橋，建造了數重栅寨，嚴密防守；中路由石曼子統領，占據站泗州。
行長的水軍輪番給各倭軍運送糧饷，在海上往來如梭。
我軍确定日期準備一齊進攻，不久國内來報說遼陽遭受敵寇入侵，李如松戰敗陣亡，皇帝下诏讓如梅回國赴任，于是中路便由董一元統領。
當應泰審決楊鎬的罪行時，李日公請求皇帝收回他對楊鎬的決定，以勉勵各鎮撫官員完成征讨倭寇的重任。
皇帝沒答應。
又因為應泰曾将楊鎬在朝鮮築城作為楊鎬的一條罪狀，說城堅意得之後，将會使朝鮮日後成為中國的禍患，于是李日公又上奏皇帝為此辯解。
皇帝對李日公的回答是：“我們連年在朝鮮用兵，分發軍饷，是因為你們國家對我們素來效忠順從的緣故，不要因為個别人的話而自己起疑心。
”
九月，在朝鮮的明軍将士分道進兵，劉纟廷進逼行長的營地，與行長相約好好地會一會他。
第二天，劉纟廷率軍攻城，殺死敵人九十二人。
陳王..的水軍也協助劉纟廷堵擊倭軍，毀壞倭軍船隻一百多艘。
行長悄悄地派一千多騎兵扼擊劉纟廷，劉纟廷感覺形勢不利而退兵，陳王..也棄船而逃。
麻貴帶兵到蔚山，斬殺了不少敵人，倭軍佯裝退兵引誘麻貴。
麻貴進入空空的堡壘後，伏兵四起，于是被倭軍打敗。
董一元進兵奪取了晉州，乘勝渡江，接連攻毀了兩座敵寨。
倭寇退保泗州的老營，經過激烈的鏖戰，攻下了泗州老營，往前進逼到新寨。
新寨三面環江，一面靠大陸。
江中引入海水作為護濠，在寨前停泊有海船數以千計。
新寨的兩邊築有金海和固城兩個城，做自己的左右兩翼。
十月，董一元派遣将領從四面攻打城池，用火器擊碎了寨門，士兵競相前去拔除欄栅。
忽然軍營中火藥發生爆炸，火焰沖天，倭軍乘勢沖擊明軍，固城的倭軍也已趕來，于是明軍大潰，逃回到晉州。
皇帝聽說此事後，命令斬兩個遊擊以示懲戒，讓董一元等人各帶罪立功。
該月，福建都禦史金學曾上報說在七月九日日本的平秀吉死亡，朝鮮的倭軍都有回國的意圖。
十一月，清正率軍乘船先回，麻貴于是進入島山和酉浦，劉纟廷攻奪了曳橋。
石曼子率水軍援救行長，陳王..率軍邀擊，打敗了石曼子。
不久，各地倭軍全部揚帆回國。
自從倭寇在朝鮮作亂的七年間，中朝兩國還有其他屬國喪失了軍隊數十萬人，花費軍饷數百萬，至今都還算不過來。
到關白死，這個禍亂才開始平息。
二十七年(1599)閏四月，皇帝将平定倭寇的消息诏告天下，又給李日公敕谕說“：倭奴平秀吉行為放肆無道，蹂躏你的國家。
我顧念你王室對朝廷世代忠貞，深為憐憫你們。
這七年來，每天都在考慮對付倭賊的事。
剛開始時是對他們薄施讨伐，繼而又包容和親他們，最終對他們嚴加征讨。
不殺人乃是上天的善心，用兵動武乃是不得已而已。
安疆靖亂，應以掃蕩平定為好。
可幸的是天神也讨厭倭人作惡太多，暗裡幫我們殲滅了倭人魁首，于是大軍乘此機會，追擊敗退的倭寇，連海隅都已掃清。
捷報傳來，我的憂勞之心才稍有放松。
對于你來說，雖然歸還給你的是舊的河山，但實際上同新造的是一樣的，要振興凋敝之業，費力更為艱辛。
倭寇雖然逃歸本國，但其種族還在。
我現在命令邢..帶兵回京城，适量留下萬世德等人替你分别戍守國土。
你應該卧薪嘗膽，不忘前恥，盡忠盡孝，将前輩的功業發揚光大。
”
五月，邢..向朝廷逐條陳述東征之後的十件善後事宜：其一，留下騎兵、步兵、水兵共三萬四千多人，戰馬三千匹幫助朝鮮戍守疆土；其二，确定每月的軍饷，每年給駐守朝鮮的明軍發饷銀共九十一萬八千多兩；其三，确定繳納的田稅，可用米豆代替米麥，将此分派給遼東、天津、山東等地，每年十三萬石；其四，留兵守衛中路的海防通道；其五，裁減運饷司；其六，尊重将領；其七，增添巡捕；其八，将各軍鎮巡邏的訊地分開；其九，操練軍隊；其十，責成朝鮮本國按以上意見去辦。
朝廷大臣讨論後認為“：幾年來疲憊消耗，到現在可以休息一下，自然應當在國内加固根本，不應當更多地花費消耗。
況且朝鮮國遭受兵荒之後，不僅僅是以倭人的侵擾為苦，還苦于要負擔我們在朝鮮的軍隊。
所以今天所議的善後事宜，仍應與朝鮮國商量，先看他們的糧饷出入情況，再來斟酌我軍的去留。
至于增購馬匹、添補标兵、創立巡捕，以及管理糧饷的府佐等等，全應停止。
”皇帝命令督撫會同朝鮮國王一起商量酌定後再上奏此事。
八月，李日公向朝廷進獻土産，皇帝按例給予褒賞。
十月，朝鮮請求留下八千水兵幫他們戍守疆土。
從朝鮮撤回來的官兵，就全部駐紮在遼陽以防北方外族入侵。
二十八年(1600)四月，朝鮮請求将義州等地倉庫中遺留下來的明軍食用的米豆運回遼陽。
戶部上奏說：“運輸很困難，不如直接送給朝鮮、讓他們用于振興凋敝的家業，以便昭示皇帝的仁德之心。
”皇帝下诏說“：同意。
”
二十九年(1601)二月，兵部答複經督朝鮮事務的七條意見：“其一，訓練士兵。
高麗人骠悍，能耐寒受苦，但其衣是長衫大袖，無法訓練，應以管束行伍的方法教育他們。
其二，守衛要沖之地。
朝鮮三面環海，釜山與對馬島隔海相望，巨濟也就在旁邊，應以重兵防守該地，并在蔚山、開山等地也派兵戍守。
其三，修築險隘之處的營壘。
王京北靠叢山，南臨滄海。
忠州左右又有烏嶺和竹嶺，其道像羊腸一樣狹小繞曲，有一夫當關萬夫莫開之險。
現今這些地方的營壘遺址尚存，應給予修葺。
其四，修建城池。
朝鮮八道之地，十之八九沒有城池。
平壤西北部的鴨綠江和壩江，都在南部通海。
倘若倭寇另外派一支軍隊占領平壤，則王京的聲援就會被斷絕，這些地方都應修築屯寨聚衆守衛。
其五，造器械。
倭軍便于陸戰而不便于海戰，是因為他們的船太重太大，不利于攻擊。
現今準許他們添造一百一十艘戰船作為奇兵，船上添造有神機百子火箭。
其六，尋訪奇異人材。
朝鮮國以世代為官為貴，以世代服役為賤，對百姓為官之途全都禁锢，因此許多人材往往逃到倭人那裡或投奔敵方，成為本國的禍患。
因此應讓他們破格搜尋采用人材。
其七，整治我國内的軍備。
我們中國東南臨海，以登州、旅順為通海的門戶，鎮江是通海的咽喉，應援之兵，不應全部撤離。
我們自己穩固了也就能使朝鮮也穩固。
”皇帝下诏讓朝鮮按上述幾條刻苦執行。
九月，朝鮮上奏說朝廷以前頒發給他們的诰命和冕服都因遭變亂淪失了，祈求皇帝再補發頒給，皇帝同意了。
此時倭人國内動亂，對馬島的島主平義智将投降他們的朝鮮人全部遣送朝鮮，并傳書過來與朝鮮講和，還聲稱平秀吉手下的将領家康将輸送糧食數十萬作為軍用物資，以威脅朝鮮。
朝鮮與對馬島一水相隔，島内不産五谷，靠朝鮮給他們提供大米。
自倭軍入侵朝鮮後，停止與對馬島開市供糧，對馬島便千方百計脅迫朝鮮與他們通好。
平秀吉死後，明朝的軍隊全部撤回國内，朝鮮對倭人十分畏懼。
他們想與倭人通好，又怕得罪中國。
十二月，李日公以對馬島倭人向朝鮮求好一事請示明朝廷。
兵部認為此事難以遙相估計，讓總督萬世德酌情上報處理，皇帝同意。
三十年(1602)十一月，李日公上奏稱倭國使者頻頻來要挾我們朝鮮與他們通好，還為此準備動兵，請求朝廷選派将領率軍到朝鮮監督協助我們的防衛。
皇帝說“：曾經留下将士教習過你們怎麼防衛，現成的方法都在那兒，不用再派人了。
”讓朝鮮的使者将敕谕帶回去勸誡勉勵他們。
三十三年(1605)九月，李日公又請求明朝廷封李珲為世子，禮部仍堅持立長之說。
三十五年(1607)四月，李日公以家康前來向朝鮮求和之事上報明朝廷，兵部讨論後認為聽任朝鮮國王自己處理算了。
從此，朝鮮和日本通好，過了三年便計劃互相開市貿易。
三十六年(1608)，李日公死，光海君李珲自稱為署國事，派陪臣前來向明朝廷訃告喪訊，并請求朝廷給李日公封