時還是以商人為主，等到嚴禁與番人交通的禁令下達後，這種交易便轉移到貴官之家，這樣貴官之家欠倭人之債的也愈來愈多。
等到倭人前來索債太急時，這些官宦人家或以危言恫吓他們，或又以好話欺騙他們，說我們最終不會虧待你們的，等等。
倭人沒取得資金無法回去，為此大為怨恨，而大奸人如汪直、徐海、陳東、麻葉之流又長期聚集在他們當中，因在内地無法得逞其事，于是全部逃到海島上去做主謀。
倭人都聽他們的指揮，他們便引誘倭人做海盜。
海中的巨盜，于是都沿襲倭人的服飾、旗号，并且分船搶掠内地，無不獲大利，因此倭寇之患日愈劇烈，于是朝廷大臣商議後又設置巡撫官職。
三十一年(1552)七月任命佥都禦史王忄予出任巡撫之職，而此時倭賊寇盜之勢已經熾盛，無法撲滅了。
明朝初年，沿海的關鍵地區建立了衛所，設置了戰船，讓都司、巡視、副使等官監督行事，因此控制得頗為周密。
等到國内享受太平已久，以緻戰船破爛，軍隊空虛。
一旦遇到敵警，便招募漁船放哨守衛。
這樣的士兵沒有經過長期訓練，船也不是專業戰船，于是一見到海寇的船隻，總是望風而逃，而上面又沒有統帥率領他們抵禦海寇。
以緻賊船所到之處，無不受其殘破。
三十二年(1553)三月，汪直勾結諸倭賊大舉入侵，率戰艦數百艘，蔽海而至。
浙東、浙西、長江之南、長江之北，沿海數千裡地方，同時告警。
倭賊攻破昌國衛。
四月又進犯太倉，攻破上海縣，掠奪了江陰，攻打乍浦。
八月他們又搶劫金山衛，進犯崇明、常熟和嘉定。
三十三年(1554)正月他們又從太倉出發掠奪蘇州，攻打松江，又朝長江以北進發，進逼通、泰兩州。
四月，他們攻陷嘉善，攻破崇明，又進逼蘇州，進入崇德縣。
六月，他們從吳江出發掠奪嘉興，回來時駐紮在柘林。
他們縱橫往來，如入無人之境，新任巡撫王忄予也無法有所作為。
不久，王忄予改為大同巡撫，以李天寵代王忄予做浙江巡撫，朝廷又命令兵部尚書張經總督軍務。
于是從四面八方征兵，協力進剿倭賊。
此時，倭賊以川沙窪、柘林為巢穴，四出擄掠。
第二年正月，倭賊奪船進犯乍浦、海甯，攻陷崇德，轉而擄掠塘栖、新市、橫塘、雙林等地，攻陷了德清縣。
五月，在内地的倭賊又糾集新到的倭賊突然進犯嘉興，到王江泾時，被張經斬殺了一千九百多人，其餘的逃奔到柘林。
其他倭賊又掠奪了蘇州境内，波及到江蘇、無錫，還出入于太湖。
縱觀倭賊之人，真正的倭人大緻占十分之三，而跟随倭人為寇為盜的占十分之七。
倭賊遇戰時，驅使其所擄掠來的人做前鋒，法律嚴明，所以人人至死不退，而官軍素來懦怯，倭賊一至則潰奔逃散。
皇帝便派工部侍郎趙文華督察軍情。
而趙文華卻颠倒功罪，于是各路官軍更加解體。
張經、李天寵一并被逮捕問罪，以周王充、胡宗憲代替他們的職位。
過了一個月，周王充被罷官，以楊宜代替周王充。
此時倭賊勢力蔓延，江蘇、浙江無不遭受他們的蹂躏。
新來的倭賊越來越多，也更肆毒無忌。
每次他們都自焚其舟，然後上岸搶劫。
從杭州的北新關向西剽掠淳安，突破徽州的歙縣，到達績溪、旌德，又經過泾縣，奔向南陵，于是到達蕪湖。
他們焚燒長江南岸後，奔向太平府，進犯江甯鎮，直接侵犯南京。
倭賊着紅衣黃蓋，率領衆人進犯大安德門，到夾岡時，又朝秣陵關進發，從溧水向溧陽、宜興流動，并洗劫了溧陽和宜興。
聽到官軍從太湖出發後，便越過武進，抵達無錫，駐紮在惠山。
他們一晝夜奔走一百八十多裡，抵達浒墅，結果被官軍包圍。
官軍追擊到楊林橋，将這群倭賊殲滅在這一仗中，倭賊人數隻有六七十，而經過的地方卻達幾千裡，被他們殺戮殺傷的人幾乎有四千，經曆的時間達八十多天，這是三十四年(1555)九月的事。
應天府的巡撫曹邦輔将捷報上奏到朝廷，趙文華對曹邦輔建功頗為顧忌。
因倭賊的巢穴在陶宅，趙文華便大集浙江、直隸的軍隊，與胡宗憲一起帶兵進剿。
同時，趙文華還約曹邦輔一起聯合進剿，分道并進，在松江的磚橋安下營寨。
倭賊出動全部精銳前來沖擊官軍的軍營，官軍大敗。
于是趙文華氣餒，而倭賊更為猖獗。
十月，倭賊從樂清登岸，流動洗劫了黃岩、仙居、奉化、餘姚和上虞，這些地方被殺被擄的人無法計算。
倭賊到達嵊縣時，被官軍殲滅，一數他們還不滿二百人，卻已深入到了三個府的地界之内，騷擾達五十日之久。
此前有一支倭賊從山東的日照流動洗劫了東安衛，後來又到淮安、贛榆、沭陽、桃源等地，等到達清河時因下雨被阻，于是被徐、邳兩地的官軍所殲滅，清點時發現倭賊也才不過是數十人，卻流害千裡，殺戮了千餘人，其骠悍達如此地步。
趙文華自磚橋失敗之後，發現倭寇勢力更甚于以往。
原先紮營在柘林的倭賊轉移到周浦，與停泊在川沙舊巢穴中的倭寇和駐紮在嘉定高橋的倭賊往來自如，無時無日不侵犯其他地方，而趙文華卻以倭患已經停息上報朝廷，請求回京。
第二年二月，楊宜被罷官，以胡宗憲代理楊宜的職務，任命阮鹗為浙江巡撫。
在此情況下胡宗憲便請求朝廷派使者前去谕告日本國國王，讓他禁止島上的賊寇進犯中國，将與番賊勾通的奸商招回來，答應讓他們立功贖罪。
皇帝的聖旨頒下之後，胡宗憲便派甯波學士蔣洲、陳可願前往日本。
不久，陳可願回來，說他們到了日本國的五個島碰到汪直、毛海峰，說日本國内動亂，其國王和相國都已死，各島之間沒有統屬關系，必須遍谕日本各島才能杜絕倭寇的進犯。
還有個叫薩摩洲的地方，雖然他們也乘船進犯中國，但這不是他們的本心所願，他們請求與中國通貢互相貿易，并願意殺賊以表示他們對中國的順服之意。
蔣洲和陳可願商議後，便留下蔣洲去傳谕各島，陳可願回來彙報。
胡宗憲将此情況上報朝廷，兵部上奏說：“汪直等人本是中國的編戶之民，既然聲稱效順朝廷，應即刻放下武器。
他們卻絲毫不提及此事，還要求朝廷開通市場讓他們通貢，隐然他們好像是中國的屬國一樣，其奸心不可叵測。
為此應命令督軍大臣振揚國威，對海防嚴加守衛。
同時移檄文給汪直等人，讓他們剿除舟山地區的各倭賊巢穴，以表明自己的心迹。
如果此後海疆果然清靜太平，朝廷對他們自然加以恩賞厚賜。
”皇帝同意。
此時兩浙地區都遭受倭害，慈溪被倭賊焚燒殺戮最為嚴重，餘姚次之。
浙西的柘林、乍浦、烏鎮、皂林之間，都有倭賊巢穴，前後到達這些地方的倭賊有二萬多人。
朝廷讓胡宗憲趕快拿一個治理方略出來。
七月，胡宗憲上奏說：“賊人的首領毛海峰自陳可願回來後，先在舟山打敗了倭寇，又在瀝表再次擊退倭寇的騷擾，并派遣他的黨徒前去各島嶼上招撫賊人，率領他們效順朝廷，請朝廷給毛海峰加以重賞。
”兵部讓胡宗憲自己相機行事。
正當此時，徐海、陳東、麻葉三人正連兵一處圍攻桐鄉，胡宗憲設下計謀離間他們之間的關系，徐海便活捉了陳東和麻葉向官軍投降，官軍便在乍浦全部殲滅陳東和麻葉的餘黨。
不久，胡宗憲又率軍跟蹤徐海到梁莊，徐海也被殺，他的餘黨也被盡殲。
這樣，江南、浙西的賊寇略為平息，而長江以北的倭賊則進犯丹陽，劫掠瓜洲。
燒毀漕運的倭賊第二年春天又進犯如臯、海門，攻打通州，搶劫揚州、高郵等地後，進入寶應，于是入侵淮安府，并在廟灣集結，過了一年官軍才收複這些地方。
而浙東的倭賊則盤踞在舟山，官軍也先後向他們發起攻擊。
先前，蔣洲到各島嶼去宣示朝廷的谕告，到達豐後島時被當地人留了下來，他便派僧人到山口等島嶼上繼續傳示朝廷的禁令。
這樣，山口的都督源義長便修好咨文，送還從中國擄掠去的人口，但他的咨文中用的乃是日本國王的印篆。
豐後的太守源義鎮也派僧人德陽等準備好土特産，奉表向朝廷謝罪，請求朝廷給他們頒發經勘合的金牌，以便他們向朝廷獻貢，并将蔣洲送了回來。
以前楊宜在任時，曾派遣鄭舜功出海偵探情況，行到半後島時，島主也派僧人清授随船前來謝罪，說豐後島有人為寇，前後侵犯中國，都是中國的奸商暗地裡勾引各島上的夷人引起的，源義鎮等人實際上并不知曉。
這樣一來，胡宗憲便上疏陳述這些情況，說：“蔣洲奉命出使二年來，隻經過半後、山口兩個島嶼，他們有的有貢物但沒有經過勘合的印信，有的有印信卻沒有國王的名稱，這些都是違反朝廷典章的。
但