困，相約為真率會。
隻吃脫粟一樣飯，喝幾杯酒，洛中以為美事。
後來為河中知府，諸路看到保甲法妨礙農功，論救十分用力。
錄事參軍宋儋年突然死了，純仁派子弟吊喪，小殓時，發現宋儋年口鼻有血流出。
純仁懷疑他死得不正常，調查後得知宋儋年之妾跟小吏通奸，趁宴會時把毒藥放在鼈肉中毒死了宋儋年。
純仁追問食鼈肉在第幾次喝酒時，并說：“哪裡有已經中毒而能喝到終席的呢？”經過再次拷問，才知宋儋年向來不吃鼈肉，所謂置毒藥鼈肉中者，乃是其妾與小吏想為将來翻案打下伏筆，以逃避死罪。
實際情況是宋儋年喝醉酒後回來，其妾置毒藥于酒中而殺掉了他。
于是正治其罪。
哲宗登基，純仁再次任直龍圖閣，知慶州。
召為谏議大夫，因為避親的嫌而辭卻，改任天章閣待制兼侍講，升為給事中。
當時宣仁皇太後垂簾聽政，司馬光主持政事，将盡改熙甯、元豐法度。
純仁對司馬光說“：改掉其中過份者即可。
至于差役一事，應當仔細講究而慢慢實行。
否則，更加成為老百姓的禍害。
希望你虛心以接納各種不同建議，不必謀自己出；謀自己出，則谄谀之人得以乘間而迎合。
役法恐怕難以更改，可以先在一路實行，看結果到底怎樣。
”司馬光不聽，反而更加固執。
純仁說“：這樣的話就使得人不能說話了。
如果為了讨好你而得到你的喜歡，怎麼不在年輕時迎合王安石以緻富貴呢？”又說：“熙甯按問自首之法，既已改了，有司立文太深，四方死者比較舊時有數倍之多，恐怕不符合先王甯失不經，也不枉殺無辜之意。
”純仁向來與司馬光志向相同，等到臨事規正，大緻如此。
以前，種古因誣告純仁而被罷黜。
至此時，純仁又推薦他為永興軍路钤轄，并推薦他知隰州。
每每自己反省道“：先輩與種氏上世有很深情誼，純仁不肖，引起種氏子孫訟告，哪用去讨論其中是非曲直。
”
元..初年，升為吏部尚書，隔數天，又任同知樞密院事。
起先，純仁參與了關于西夏的讨論，他主張罷兵棄地，讓西夏歸還所掠漢人，執政大臣考慮了很久沒有決斷。
至此乃重新讨論，純仁又請求歸還一漢人即予西夏十缣。
事都照着辦了。
邊境上把鬼章俘虜了并押到朝廷，純仁請在邊塞上誅殺以謝邊民，沒有被接受。
議事者想把鬼章的兒子也招來，收複河南故地，因此赦免死罪而不殺。
後來又欲加官，純仁再次争論不能加官。
而鬼章之子也終究沒有歸附。
元..三年，拜尚書右仆射兼中書侍郎。
純仁在位，專以博大開啟皇帝心意，以忠笃改變士風。
章..得罪罷去，朝廷因其父親年老，欲将他安置在比較方便的郡府，既而此事中止。
純仁請求避開其過往之罪而體恤其私情。
鄧绾為淮東帥，言官貶斥他沒完沒了，純仁說“：我曾被鄧绾誣奏而被黜退，今日所陳說卻是為鄧绾說話，降職時不應把人家的過失記錄得太深。
”宣仁皇太後贊許地采納了。
于是下诏：“前日希求附合之人，一并不予追究。
”
學士蘇轼以發策問被言官圍攻，韓維無故罷門下侍郎被調外職。
純仁奏言蘇轼無罪，韓維盡心國家，不能因谮言罷黜他的官職。
待王觌議事不合皇帝之意，純仁擔心朋黨将越來越嚴重，與文彥博、呂公著在皇太後簾前辯論，沒有結果。
純仁說：“朝臣本來無黨，但善惡邪正，各以類分。
彥博、公著都是曆朝舊臣，怎能雷同欺上。
過去先父與韓琦、富弼同柄慶曆之政，各舉所知。
當時謠傳指為朋黨，三人相繼調外任職。
造謗的人公開相互慶祝說‘一網打盡’。
這事離今天并不遠，希望陛下引以為戒。
”并因此暢言前世朋黨之禍，并錄歐陽修《朋黨論》進呈。
漢陽軍知軍吳處厚傅緻蔡确安州《車蓋亭詩》，以為诽謗宣仁皇太後，報告朝廷。
谏官欲把蔡确置于典憲而追究，執政大臣贊成谏官，隻有純仁與左丞王存認為不可。
讨論來讨論去沒作定論，聽說太師文彥博欲貶之于嶺峤，純仁對左相呂大防說：“此路自乾興以來，荊棘遍地幾乎七十年，我等開啟此路，恐怕将來自己也不免重蹈此轍。
”呂大防遂不敢言。
待蔡确貶新州的诏令下來，純仁在宣仁皇太後簾前說：“聖朝應寬厚為懷，不可以言語文字之間暧昧不明之過，誅殺流竄大臣。
今天的舉動應考慮到是将來的法度，此事不應開個不好的頭。
而且以重刑去惡，好比猛藥治病，若太過份，難免有所損害。
”又同王存對哲宗進行谏誡，回來後又上疏，大略說“：就像父母有不聽話的兒子，雖天地鬼神不能寬容，而父子至親，處理起來應以恕為主。
若使之處必死之地，則恐傷恩。
”但蔡确終于還是貶谪新州。
呂大防奏蔡确黨人甚盛，不可不追究。
純仁當面進谏朋黨難辦，恐怕誤及好人。
遂上疏說：“朋黨之起，大概因為趣向有同有異，同于我者謂之正人，異于我者謂