準辭謝。
禦史中丞王陶因議論宰相不押班而罷職，司馬光代理禦史中丞，司馬光說：“王陶由于議論宰相罷職，那麼中丞之職不可再為。
我願意等待宰相押班後，然後就任該職。
”朝廷準許了他的請求。
司馬光于是上疏論修心的要旨有三條：叫仁義，叫明智，叫武略；治國的要旨有三條：叫善于用人，叫有功必賞，叫有罪必罰。
司馬光的這一主張很完備。
司馬光又說“：我得以事奉三朝，都是以這六句話呈獻，平生曆學所得，全部都在這裡頭了。
”禦藥院的内官近臣，宋朝常常用供奉官以下的人充當，升到内殿崇班職位就出任地方官；近年暗中理順官階，這不是祖宗的本意。
因而彈劾高居簡奸妄邪惡，請求加以遠遠流放。
奏章五次呈上，神宗為了替高居簡開脫，全部廢除寄資官。
不久再留任二人，司馬光又據理力争。
張方平任參知政事，司馬光認為他不負衆望協調，神宗沒有同意司馬光的意見。
司馬光還是擔任翰林兼侍讀學士。
司馬光常常擔心由于曆代史籍浩繁，皇帝不能全部閱覽，于是寫了《通志》八卷呈獻英宗。
英宗很高興，命令在秘閣設置機構，續修這部書。
到這時，神宗給此書命名為《資治通鑒》，并親自給此書寫了《序》，讓司馬光每天進讀。
诏令錄選颍王府直省官四人為..門祗候，司馬光說：“國初草創之時，國運還艱難，所以皇帝登位初期，必須用左右故舊之人作為親信稱作随龍，這不是一般的制度。
..門祗候對文臣來說是館閣職務，怎能讓執勞役供使用的人擔任呢？”
西戎部将嵬名山打算以橫山部衆，捉住諒祚來降服，诏令邊臣招納橫山部衆。
司馬光上疏極論，認為：“嵬名山部衆，未必能夠制服諒祚。
即使僥幸取勝，滅掉了一個諒祚，又生出一個諒祚，有什麼好處；如果不能取勝，嵬名山一定會帶領部衆歸附于我，不知怎麼對待他們。
我恐朝廷不單失信于諒祚，又将會失信于嵬名山。
如果嵬名山餘部還很多，返歸北地不能，而進入南方又不被接納，窮途末路無處可歸，必定将會突然占據邊城來求活命。
陛下難道沒有聽說侯景叛亂的事例嗎？”神宗沒有采納他的意見，派遣将領種谔出兵迎接嵬名山，取得綏州，耗費錢财六十萬，西邊用兵，大概就從這裡開始。
百官給神宗上尊号，司馬光正當輪值答謝诏書，說：“先帝親郊祭祀，不接受尊号。
先帝晚年有人進獻建議，認為國家與契丹往來通信，契丹有尊号而我獨獨沒有，于是決定在非常之時奉冊行事。
過去匈奴冒頓自稱‘天地所生日月所置匈奴大單于’，沒有聽說漢文帝也加以大名尊号。
”神宗非常高興，親手起草诏書誇獎司馬光，讓他好好寫答謝辭，以示中外。
執政大臣以河朔地區遭受旱災，國家财用不足，請求神宗南郊時不要賞賜黃金絲帛。
诏命學士讨論，司馬光與王皀、王安石同時進見，司馬光說“：救災節用，應當從貴人近臣開始，陛下可以聽取這個意見。
”王安石說“：常衮辭去官職俸祿，當時認為常自知無能，應當辭去職位但不應當辭去俸祿。
況且國家财用不足，并非當世急務，國用之所以不足，是由于沒有得到善于理财的人的緣故。
”司馬光說“：善于理财的人，不過是苛征于民而已。
”王安石說：“不是這樣，善于理财的人，不加重賦稅而使國家财用充足。
”司馬光說：“天下哪有這樣的道理？天地之間所生出來的财貨百物，不是在老百姓手裡，就在官府那裡，要是想方設法掠奪民财，它的危害就比加重賦稅有過之而無不及。
這大概是桑羊欺騙漢武帝的話，太史公把它寫入史書足以見其不明而已。
”二人争議不休。
神宗說“：我的意見與司馬光相同，但暫且以不予允準回答他。
”适逢王安石起草诏書，援引常衮事例責問兩府，兩府不敢争辯。
王安石執政，頒行新法，司馬光上書陳述新法的好處和害處。
司馬光在迩英殿進讀，讀到曹參代替蕭何的事時，神宗說“：漢代永遠遵守蕭何的成法不變，可以嗎？”司馬光回答說：“不僅漢代，假使三代之君永遠遵守夏禹、商湯、周文王、周武王的制度，即使到今天存在仍然可以。
漢武帝對漢高帝的約束之法多有改動，于是盜賊滿天下；漢元帝改變孝宣帝的政治，漢朝于是衰落。
這樣說來，祖宗的制度是不能改變的。
”
呂惠卿說：“先王制度，有一年一變的‘，正月天氣開始暖和，在宮廷外門頒布法令’就是這樣；有五年一變的，皇帝巡行境内考察制度就是這樣；有三十年一變的‘，刑罰世輕世重’就是這樣。
司馬光所說的不正确，他的意思是諷喻朝廷。
”神宗詢問司馬光，司馬光說：“在宮廷外門頒布法令，是頒布舊法。
諸侯變易禮樂，天子一旦察覺就要誅殺他，這不是自我變化；刑法新建之國使用輕典，混亂之國使用重典，這就是世輕世重，不是改變。
況且治理天下就比如治理住宅，壞了就加以修整，不是嚴重毀壞就不重新建造。
公卿侍從百官都在這裡，希望陛下問問他們。
三司使執掌天下财政，沒有才能的可罷黜，不能讓執政大臣侵占其事。
現在設立制置三司條例司，是為什麼呢？宰相以道義輔佐皇帝，是用什麼例子？如果引用例子，那麼就是胥吏了。
現在設立看詳中書條例司，是為什麼呢？”呂惠卿不能回答，就用其他的話诋毀司馬光。
神宗說：“互相辯論是非，何必到這種地步。
”司馬光說：“平民百姓出息借錢，尚且能夠蠶食下戶貧民，何況有縣官督責的威儀呢！”呂惠卿說：“青苗之法，願意借取就貸給他，不願意的并