，司馬光說：“廣開言路。
”诏令張榜于朝堂廣求直言。
但大臣有不高興的，籌劃了六句話說：“諸如心懷奸詐；超越職責範圍；或者扇搖鼓動機密的軍國大事；或者迎合已經實行的法令；對上想憑僥幸升遷官職；對下想迷惑世俗。
像這幾種，罰無赦。
”太後又命出示給司馬光看，司馬光說：“這不是求谏，而是拒絕上谏。
這樣為人臣者隻有不說話，否則一說話就列入這六事的範圍了。
”就詳細論述這種情況，改诏實行，于是上書奏事的人數以千計。
起用司馬光為陳州知州，經過朝廷，留任門下侍郎。
蘇轼從登州被召回朝，沿路上的人相聚高呼說“：委托您感謝司馬相公，讓他不要離開朝廷，深加自愛以救我們。
”當時天下百姓，引頸拭目盼望刷新政治，但持論者還認為：“三年不要改變父皇的所作所為”，隻是粗略地革除瑣碎細小的事情，稍稍堵塞人言。
司馬光說“：先帝之法，好的即使是百世也不能改變。
像王安石、呂惠卿所制定的制度，成為天下禍害，改變它就像救焚救溺一樣急迫。
況且太皇太後以母親的身份改變兒子的法令制度，這不是兒子改變父親的法令制度。
”這樣大家的意見才定下來。
于是廢除保甲團教，不再設置保馬；廢除市易法，把所儲藏的物資都賣掉，不取息錢，免除所欠的錢物；京東鐵錢及茶鹽之法，都恢複其原有的制度。
有人對司馬光說“：熙甯、元豐舊臣，多是奸佞小人，他日有人用父子之義離間皇上，那麼災禍就發生了。
”司馬光正色說：“上天如果保佑宗廟社稷，肯定沒有這樣的事發生。
”于是天下人放心了，說：“這是先帝的本意。
”
元..元年(1086)，司馬光再次得病，诏命他朝會時行再拜禮時，不舞蹈。
當時青苗、免役、将官之法還存在，而西戎之議沒有決定。
司馬光歎氣說“：這四患不除，我死不瞑目。
”他寫信給呂公著說：“我把身子托付給醫藥，把家事托付給兒子，隻有國事未有所托，今天把它交給您。
”于是論免役法的五大害處，請求徑直降下诏書廢除它。
使諸将之兵都隸屬各州縣，軍政事務委托太守、縣令一起處理。
廢除提舉常平司，把所管事務歸于轉運使、提點刑獄管理。
邊地之計以與西戎講和為好。
說監司多為新進的年輕人務必會苛刻急于求成，令在郡守中選擇舉薦近臣，而在通判一級中薦舉轉運判官。
又建議立十科薦士辦法。
這些都被朝廷接受。
司馬光被任命為尚書左仆射兼門下侍郎，免朝觐，準許乘坐轎子，三天到省中一次。
司馬光不敢承受，說：“不見君主，不能夠辦公治事。
”诏令他的兒子司馬康扶他入朝應對而說“：不行拜禮。
”于是廢除青苗錢，恢複平常粜籴法。
兩宮虛位聽任司馬光去做。
遼、西夏派使者來，必定詢問司馬光的身體起居情況，遼、西夏國君敕命其邊吏說：“中國用司馬為宰相，你們不要輕易制造事端，輕開邊隙。
”司馬光自見言聽計從，打算以身殉國，于是親自處理各種事務，不舍晝夜。
賓客見他身體虛弱，列舉諸葛亮食少事煩的例子作為勸戒，司馬光說：“人的生與死，是命中注定的。
”工作更加努力。
病情危急，他已失去知覺，諄諄不倦像夢中呓語，但都是有關朝廷、天下的事情。
這年九月司馬光去世，終年六十八歲。
太皇太後聽到這一消息非常哀痛，與哲宗立即親臨吊唁，明堂禮成都不予慶賀，贈太師、溫國公。
贈以一品禮服，贈送七千銀子、絹幫辦喪事。
诏令戶部侍郎趙瞻、内侍省押班馮宗道護送靈柩，歸葬陝州。
谥号為文正，賜碑為《忠清粹德》。
京師人民罷市前往吊祭，賣衣祭奠，在裡巷間相聚号哭護送靈車。
及到下葬時，哭者就像痛哭自己的親人一樣。
嶺南封州父老鄉親，也相率備辦祭祀，都城中以及四方各地都繪其像以祀，吃飯時必須祝禱。
司馬光孝友忠信，恭儉正直，安居有法度，任事有禮儀。
在洛陽時，每次前往夏縣掃墓，一定去看問他的哥哥司馬旦，司馬旦年近八十，司馬光像事奉嚴父般事奉他，像保護嬰兒般保護他。
司馬光從小到老，講話從不亂言，他自己說“：我沒有過人之處，隻是平生所做的，從沒有不能對人說的事情。
”誠心出于自然，于是天下人敬仰信服他，陝州、洛陽之間都為他的道德所感化，有什麼事做得不好，就說“：司馬君實會不知道嗎？”
司馬光對物質淡泊無所喜好，而對學問無所不精通，隻是不喜好釋、老之學，他說：“釋、老的微言大義不能超出儒學，它們荒誕不經我不相信。
”司馬光在洛陽有田三百畝，妻子死時，賣掉田産來辦喪事，他一直到死都是粗衣薄食。
紹聖初年，禦史周秩首論司馬光誣蔑诽謗先帝，于是全部廢除他們實行的法令。
章..、蔡卞奏請掘墳斫棺，哲宗不同意，于是命令削除他的贈官谥号，推倒所樹立的石碑。
但章..覺得不解恨，于是追貶司馬光為清遠軍節度副史，又貶為崖州司戶參軍。
徽宗即位，複貶為太子太保。
蔡京專權擅政，又降為正義大夫。
蔡京撰寫《奸黨碑》，令各州郡都刻石成碑。
長安石工安民承擔刻字任務，他推辭說：“我是愚蠢之人，本不知道立碑的用意。
隻是像司馬相公這樣的人，海内稱贊他為人正直，現在說他奸邪，我是不忍心刻字。
”長安府官吏大怒，打算加之以罪，安民哭着說：“徭役我不敢推辭，求求不要刻安民二字于石碑之末，恐怕得罪于後世。
”聽見此話的人感到慚愧。
靖康元年(1126)，恢複司馬光的贈官谥号。
建炎中，配飨哲宗廟庭。