名？”神宗采納了他的意見。
熙甯二年(1069)，任禦史中丞。
當時王安石正頒行青苗法，呂公著急速上言說“：自古以來有作為的君主，沒有失去人心卻能圖治，也沒有能脅之以威、勝之以辯卻能得人心的。
過去所謂的那些賢能之人，現都認為青苗法為非，但發出議論的人把這一切诋毀為流俗浮論，難道過去都是賢能而現在都是不肖嗎？”王安石對他的深切之語感到憤慨。
神宗讓他薦舉呂惠卿為禦史，呂公著說：“惠卿固然有才能，但奸邪不可以任用。
”神宗把這話告訴王安石，王安石更加憤慨，誣陷呂公著惡語中傷，呂公著出任颍州知州。
熙甯八年(1075)，彗星出現，下诏求取直言。
呂公著上疏說“：陛下臨朝希望治理國家，時日已經很久，但左右前後，沒有人敢直言。
緻使陛下有想治理天下的雄心，但沒有緻治之實，這是任事大臣辜負了陛下。
大概士人的邪惡正直、賢能不肖，已經素定了。
現在則不是這樣，前不久所薦舉，認為是天下最賢能的人；但後來被貶逐，認為是天下最不肖的。
其于人才既然反複無常，那麼于政事也違背常理不加審慎了。
古代為政，開始不為百姓所信服的有之，像子産治理鄭國，一年後人們怨恨，三年後人們歌頌。
陛下垂衣拱手希望成功，于此七年，但衆人的陳述，與以前相比也沒有什麼不同，陛下難道沒有察覺嗎？”
起用為知河陽，召回朝廷，提舉中太一宮，遷任翰林學士承旨，改任端明殿學士、知審官院。
神宗慢慢同呂公著談論為治之道，于是涉及佛、老，呂公著問道：“堯、舜知道此道嗎？”神宗說：“堯、舜難道不知？”呂公著說“：堯、舜雖然知此，但惟獨以知人安民為難事，所以成為堯、舜也。
”神宗又說唐太宗能以權智駕禦臣下。
呂公著回答說：“唐太宗之德，以能屈己從谏而已。
”神宗對他的話表示贊許。
不久，為同知樞密院事。
有人打算恢複肉刑，建議取死囚試驗割掉鼻子、砍掉腳的酷刑，呂公著說：“如果試之不死，那麼肉刑就會實行了。
”于是停止。
西夏幽禁了其國王，朝廷将要大舉征讨西夏。
呂公著說：“興問罪之師，當首先選擇主帥，如果沒有合适的人，不如不興。
”等到兵興，秦、晉民力大困，大臣們不敢說，呂公著多次報告興兵的害處。
元豐五年(1082)，呂公著因病乞求離開職位，被授予資政殿學士、定州安撫使。
不久永樂城陷落，神宗臨朝歎息說：“邊地百姓疲敝如此，隻有呂公著向朕說過而已。
”移居揚州，加大學士。
将要立太子，神宗對輔佐大