相應。
虞、夏、商、周的強盛，未嘗沒有外侮，但懷柔制禦的要旨，不在彼而在此。
”
元..初年，哲宗召用孔文仲為秘書省校書郎，升禮部員外郎。
有人說：“皇族隻有楊、荊二王能稱皇叔，其餘應各系其祖宗，好像唐代人稱諸王孫之比。
”孔文仲說“：皇帝剛即位，應廣敦厚和睦之義，不應疏遠離間骨肉。
”議論于是平息。
升任起居舍人，提拔為左谏議大夫。
七月初一發生日食，孔文仲上疏條陳五事，叫邪說亂正道，小人欺淩君子，外族人欺侮中國，邪論剝奪公論，人臣輕視國命，應覺察這些以消去災兆。
論青苗、免役法，首先困敝天下，保甲、保馬、茶鹽法，是遺留禍患。
改任中書舍人。
元..三年(1088)，孔文仲同知貢院。
孔文仲先患寒病，到這時，日夜不廢職責。
同事以其身體病弱，勸他先出去，或者住在其他寝室。
孔文仲感謝說“：居官則任其職責，不敢因病自便！”于是病愈加沉重，回家而去世，終年五十一歲。
士大夫都哭之失聲。
蘇轼拍着他的靈柩說“：現在正嘉許懦弱而厭惡深邃，尋求像我孔經父這樣剛直的人，現在沒有了！”诏令優厚撫恤孔家，任命他的弟弟孔平仲為江東轉運判官，辦理孔文仲的喪事。
開始，孔文仲與弟弟武仲、平仲都以文章聲名起于江南，當時号稱“三孔”。
後來追貶文仲為梅州别駕。
元符末年，恢複他的官位。
有文集五十卷。