旗斧钺以激勵三軍，卻未能按照規章、嚴明軍紀，面臨大事而猶豫決策，以緻發生了街亭違背軍令的錯誤，箕谷發兵失于處事不謹慎，其責任都由于為臣用人不當。
臣下既無知人之明，考慮問題又多有糊塗之處，依據《春秋》軍事失利先罰主帥的典則，此次戰争失誤的主要責任在臣。
自請降職三級，以罰過錯。
”于是後主改任諸葛亮為右将軍，代行丞相事，仍如以前一樣總管全國軍政。
同年冬天，諸葛亮再次出兵散關，圍攻陳倉，魏國派曹真率軍前來抵抗，諸葛亮軍糧用完後返還。
魏将王雙率領騎兵追擊諸葛亮，諸葛亮列陣與魏軍交戰，擊敗魏軍，斬殺王雙。
建興七年(229)，諸葛亮派遣陳式領兵攻打武都、陰平。
魏國雍州刺史郭淮率領衆軍準備攻打陳式，諸葛亮親自領兵進取建威，郭淮隻得退守雍州，諸葛亮于是平定武都、陰平二郡。
後主劉禅下诏策封諸葛亮說：“街亭一仗，主要罪責在于馬谡，而您引罪自責，深深貶抑自己，當時難違您的心願，隻好同意自貶三級的請求，去年率兵揚我軍威，斬殺王雙；今年再次領兵出征，郭淮逃遁；招降安撫氐、羌各部，收複武都、陰平二郡，威風震懾兇敵，功勳昭著天下。
現在天下尚未平定，元兇首惡仍未鏟除，您肩負着重任，主持軍國大政，長期貶損自己，極不利于弘揚先帝的偉大事業，現在恢複您的丞相職務，請您不要推辭。
”建興九年(231)，諸葛亮再次兵出祁山，用木牛運送物資，糧盡退軍。
與魏将張郃交戰，張郃被蜀軍射死。
建興十二年(234)春，諸葛亮統率全軍從斜谷出兵，用流馬作為運輸工具，進軍占據武功縣五丈原，魏軍主将司馬懿與之對壘相持于渭南。
諸葛亮常常擔心糧草接濟不上，而使自己志願不得實現，于是将部隊分作兩部分，一部分就地開荒耕種，作為長期駐紮的基礎。
耕墾的兵卒雜居在渭河附近的百姓中間，百姓生活安定，軍卒所種不謀私。
蜀、魏兩軍相持一百多天。
當年八月，諸葛亮患疾逝于軍中，年僅五十四歲。
待蜀軍撤走，司馬懿一一巡視蜀軍的駐紮營地，歎道：“孔明真是天下奇才啊！”諸葛亮遺言命令部下将自己葬在漢中定軍山，依山勢修建墳墓，墓穴僅能容納下棺材，穿平時的衣服入殓，不必用其他器物殉葬。
後主劉禅下诏祭奠諸葛亮說：“您天生兼備文、武的才幹，英明睿智忠厚誠實，受先帝托孤遺命，盡心力輔佐寡人，使衰微待絕的漢室複興，立志平定天下戰亂，整治六軍，歲歲出戰，英武蓋世，威鎮天下，将為蜀漢建成偉大功業，所取勳績有如伊尹、周公。
為何有此不幸，大業即将功成，您卻染疾歸天！朕痛悼您的逝世，心肝欲裂。
推崇您的德行，論評您的功勳，根據您生前事迹追封谥号，讓您的精神傳揚天下，英名永垂史冊。
現在特派持使節左中郎将杜瓊，贈給您丞相武鄉侯印绶，追谥您為忠武侯。
英魂有知，對此亦感寵榮。
悲痛至極！悲痛至極！”當初，諸葛亮曾向後主表明自己心願：“臣在成都有桑樹八百棵，薄田十五頃，子孫們的日常衣食費用已有寬餘。
至于臣在外任職，沒有額外的花費安排，随身衣服飲食全有國家供應，無需再治其他産業，來增添家财。
待臣離開人世時，不讓家有多餘衣物，外有多餘錢财，使自己辜負陛下的恩寵和信任。
”及至去世，果如前言。
諸葛亮天生擅長巧思，曾構思并指導改進弓弩使之連射，制造木牛流馬作為運輸工具；他推演兵法，設計八卦陣圖，無不深得要領。
他留世的議論、教令、書信、奏疏都很值得一讀，另編成《諸葛氏集》。
景耀六年(263)春，後主劉禅诏令為諸葛亮在沔陽建立祠廟。
當年秋天，魏國鎮西将軍鐘會征伐蜀漢，到漢川縣時，前去祭掃諸葛亮祠廟，下令軍中士卒不得在諸葛亮墓附近牧馬砍柴。
諸葛亮的弟弟諸葛均，官至蜀長水校尉。
諸葛亮的兒子諸葛瞻，繼承了父親的爵位。
《諸葛氏集》目錄：開府作牧第一權制第二南征第三北出第四計算第五訓厲第六綜核上第七綜核下第八雜言上第九雜言下第十貴和第十一兵要第十二傳運第十三與孫權書第十四與諸葛瑾書第十五與孟達書第十六廢李平第十七法檢上第十八法檢下第十九科令上第二十科令下第二十一軍令上第二十二軍令中第二十三軍令下第二十四以上計二十四篇，共十萬四千一百一十二字