時，古史論文的結集——《觀堂集林》的出版，結束了這一階段的學術生涯。
到民國十二年，這時“五四”的狂潮已經過去。
為着适應新形勢下文化建設的要求，學術界喊出“整理國故”的口号，國内北京大學研究院成立後，以先生的古史研究，久已獲國際聲譽，拟聘往講學，但因為北大在“五四”時，是新文化運動的大本營，革命空氣一向濃厚，先生忠于清室，不願應聘，僅僅答應了擔任校外的特約通信導師。
不久，蟄居故宮稱制自娛的溥儀，忽召先生入南書房行走。
先生自省以諸生蒙特達之知，驚為殊恩曠典，急束裝北上，這一幕悲喜劇，使先生再到北平，而終于在北平了結了自己的生命。
翌年，溥儀為馮玉祥驅逐出宮，出走天津，先生失職。
同年，國立清華大學創辦研究院。
這以前，清華是留美生的預備學校，因此校中風氣受西洋習慣感染特甚不免有過當的地方，曾惹起社會上一班的不滿的批評，就是當日清華的學生中，也有不以本校的作風為然的。
記得張蔭麟君曾對我感慨地談起：“我們同學進城，别人都拿特别的眼光看待，仿佛誰額角上刻了‘國文不通’四個大字似的。
”這雖不過說笑，卻也暴露了部分的真象，指出弊病的所在。
适校方受當時新學術趨尚的影響，決定停止留美部招生，創設大學部，并成立研究院，校風為之一變。
時梁任公先生在野，從事學術工作，執教于南開、東南兩大學。
清華研究院院務本是請梁任公先生主持的。
梁先生雖應約前來，同時卻深自謙抑，向校方推薦先生為首席導師，自願退居先生之後。
這兒發生了一次小小的波折：原來，梁先生因為曾贊襄段祺瑞馬廠起義之役，素為遺老們所切齒，羅振玉嫉視他更甚。
先生是遺老群中的一個，與羅私交又頗密切。
這事既由梁先生推薦，羅因力阻實現。
先生頗感進退為難。
正當躊躇未決的時候，梁先生轉托莊士敦（一個中國籍的英國人，溥儀的英文教師）代為在溥儀面前疏通，結果經溥儀贊同，當某次先生上天津去請“聖安”的時候，面谕講學不比做官，大可不必推辭等語。
于是先生乃“奉旨講學”，應聘遷居清華園，羅振玉無話可說，隻好擱在心裡不樂意了。
先生應聘的第二年春間，研究所正式開學。
這時的盛況是使人回憶的：除了先生和梁先生外，同任導師及講師的有陳寅恪先生和趙元任先生及李濟、馬衡、梁漱溟、林宰平四先生。
陳先生那時曾經寫過一副開玩笑的對聯給我們，文曰：“南海聖人，再傳弟子；大清皇帝，同學少年。
”這是暗指梁、王二先生以嘲弄我們的。
平常每一個禮拜在水木清華廳上，總有一次師生同樂的晚會舉行。
談論完畢，餘興節目舉行時，梁先生喜唱《桃花扇》中的［哀江南］，先生往往誦八股文助興，如今，聲音好像仍在耳邊，而先生卻已遠了。
在研究院先生所開的課程，有（一）古史新證、（二）尚書研究和（三）古金文研究三種。
不過講授的雖還是古文字古史方面的東西，而先生自己的研究工作，則早在兩年前（民十二）校《水經注》時，即更換了趨向，作為先生第三期學術工作的對象的是遼金史、蒙古史和西北地理。
這幾年陸續發表了許多有價值的著作。
我現在撮述重要的書名和篇名如下：
一、蒙鞑備錄校注，二、黑鞑事略校注，三、聖武親征錄校注，四、長春真人西遊記校注，五、阻蔔考，六、黑車子室韋考，七、金界壕考，八、遼金時蒙古考，九、靼鞑〈鞑靼〉考，靼鞑〈鞑靼〉年表，十、南宋時[人]所傳蒙古史料考，十一、元秘史，主因亦兒堅考，十二、蒙古劄記。
清華園的山光水色，校方的優裕的供奉，給這位冷于世事，懶于應付的學人以安甯和