諸葛亮卒，劉禅素服發哀三日，李邈上疏曰：“亮身杖強兵，狼顧虎視。今其殒沒，蓋宗族得全，西戎靜息，大小為慶。”（《三國志·楊戲傳》注引《華陽國志》）劉禅怒，下獄誅之。有人欲為諸葛亮在成都立廟，劉禅以其近宗廟為由而不從。向充等上表曰：“亮德範遐迩，王室之不壞，實斯人是賴。宜近其墓，立廟沔陽，以崇正禮。”（《三國志·諸葛亮傳》注引《襄陽記》）劉禅乃從之。
晉代魏，司馬炎向故蜀臣樊建咨問諸葛亮治國之策。樊建曰：“聞惡必改，而不矜過，賞罰之信，足感神明。”司馬炎曰：“善哉！使我得此人以自輔，豈有今日之勞乎！”（《三國志·樊建傳》注引《漢晉春秋》）文立向司馬炎上言：“故蜀之名臣子孫流徙中國者，宜量才續用，以慰巴蜀之心，傾吳人之望。”司馬炎從之，诏曰：“諸葛亮在蜀，盡其心力，其子瞻臨難而死義，天下之善一也，其孫京宜随才署吏。”（《資治通鑒·晉武帝泰始五年》及《三國志·諸葛瞻傳》注引《晉泰始起居注》、山濤《啟事》）諸葛京出為郿縣令，後至江州刺史。司馬炎令陳壽編撰《諸葛亮集》。
當諸葛亮屢出隴右時，曹睿恨其是“外慕立孤之名，而内貪專擅之實”（《三國志·明帝紀》注引《魏略》）。當諸葛亮長眠定軍山後，司馬炎卻乖道欲“得此人以自輔”。司馬駿謂諸葛亮托身非所，勞困蜀民，力小謀大，不能度德量力。這與司馬懿的一些看法相似。司馬炎也不會不知其所短，而少言其短，多揚其長，自然有之寓意。
自司馬懿誅曹爽，經司馬師廢曹芳、司馬昭弑曹髦，至司馬炎迫曹奂禅位，在司馬氏興起的這段時期裡，王淩、毌丘儉、諸葛誕、鐘會等這些忠魏反晉及背晉自圖者疊連起兵，他們雖然相繼失敗，但是對司馬氏政權皆構成威脅。司馬炎知道魏晉之權雖來之實力，但皆落有不忠之柄，且影響在蔓延。他欲止之，要盡量避免螳螂捕蟬，黃雀在後。尊崇有能力的敵手無可非議，然司馬炎尊崇諸葛亮，用意很可能是希望群下能以其忠誠為榜樣，為大晉鞠躬盡瘁，死而後已，不要效仿那些叛亂者。後連晉明帝都為其祖取天下的行為感到羞愧，後世帝王也隻能歌頌諸葛亮，不會贊美司馬氏。
在私天下的社會裡，用人與防人是最棘手的問題。劉備能使能臣輔暗子，處理的還算好。諸葛亮全力北伐，若他完成一統，是否仍會甘願為臣？他死于征途，不管功業如何，卻使忠名得以流芳。諸葛亮曾論讓奪曰：“範蠡以去貴為高，虞卿以舍相為功；太伯以三讓為仁，燕哙以辭國為禍；堯舜以禅位為聖，孝哀以授董為愚；武王以取殷為義，王莽以奪漢為篡；桓公以管仲為霸，秦王以趙高喪國。此皆趣同而事異也。明者以興，暗者以辱亂也。”（張澍《諸葛忠武侯文集》卷二《論讓奪》）說明他對功名的認識相當清楚。劉備妙以漢胄去嫌，諸葛亮遺恨而全節；曹操、司馬懿最終無法紙包住火，露出原形，結果毀譽參半。英雄風雲一生，但後人難以依實論功過，多要依自身利益和所好加以褒貶。