毓蘭認為事太突兀，交付杜長生兩件任務：第一件是立即出隊，巡查水陸關口，防着賴汶光後面還有大股撚軍混進來；第二件是賴汶光的來意莫測，看樣子是來投降，但亦難保沒有别的企圖，需要預先防備。
等杜長生一走，吳毓蘭才吩咐那把總，将“來客”先讓到守衛的屋子裡休息，茶煙招待，他要借這一刻工夫先看完賴汶光的“禀帖”。
打開來看不到幾行，吳毓蘭便覺耳根發燙，就象為人說中了隐病那樣……淮軍将領的毛病，縱兵殃民，争功诿過，假報勝仗，吃空自肥，以及貪生怕死，無不在賴汶光的措詞尖刻的指責之下。
最後提到他的投降，自道不指望還能留下一條命來，隻望吳毓蘭能夠把他投降的經過，據實上達朝廷，同時也提出了“不受辱”的要求。
越是如此，越見得他的投降有誠意，而多少紅頂花翎的大官，他不屑一顧，獨許自己為賢，這出于窮寇的“青眼”，使得吳毓蘭自己都辨不出是何滋味？定神細想一想，唯有公事公辦，法内施仁，照這八個字來處理這一場始料所不及的功勞。
于是他一面派人召請幕友來商議，一面傳令把賴汶光帶上來。
“賴汶光投降。
請吳大人替我作主。
”賴汶光和他的從人都跪下磕頭。
吳毓蘭站着受了他的頭，同時伸手虛扶了扶，“起來，起來。
”他說，“你的禀帖我看過了。
我不難為你！”
“謝謝吳大人。
”賴汶光的神情很激動，“汶光唯求速死！”
“我知道你的心境，你先好好息一息。
隻要我力所能及，一定給你一個痛快！”說到這裡，吳毓蘭喊道：“來啊！給帶下去，好好安置！”
于是賴汶光被安置在一座與外隔絕的跨院裡，吳毓蘭派了他的親信看守，關防極其嚴密，而起居特别優待。
一宵過去，第二天早晨拿了筆硯來，讓他寫“親供”，賴汶光趁此機會，又把淮軍大罵了一通。
吳毓蘭把他的一個禀帖，一份親供拿在手裡，頗感為難。
照幕友的建議，這兩個文件不必報上去，免得“上頭”看了不高興。
同時也不必說老實話，賴汶光“就擒”，東撚就算平服了，九轉丹成，那是多大的戰功？何苦有機會而不鋪張？
“話是不錯！”吳毓蘭心想，如果照此辦法，不也就跟賴汶光所痛罵的那些人一樣了嗎？因而欲言又止地，極費躊躇。
商量的結果，吳毓蘭先辦了個簡單的公事，飛報李鴻章。
這時禀帖和親供的内容已經洩漏了出去，各營官兵都以此為話題，議論紛紛，吳毓蘭得知這種情形，覺得隐瞞真相，甚為不妥，決定照實呈報。
很快地，李鴻章派了一名文案到揚州，傳達秘密命令，要吳毓蘭重新呈報，主要的是要湮沒賴汶光的禀帖和親供，同時也不能說他自行投降，是為官軍四路兜剿，力竭就擒。
到此地步，他也就不必再堅持原意，反正已經照賴汶光的話做過，可以問心無愧。
于是跟派來的文案商量着另拟了一通公文，讓李鴻章據以出奏。
當然，等李鴻章奏報出去，又有一番改動。
吳毓蘭的原禀是說，賴汶光一到揚州東北灣頭地方，他接得消息，立即出隊迎擊，撚匪四散潰逃，官軍分兵四路追截，親自督饬遊擊梅宏勝、吳輔仁，參将杜長生，沿運河追殺，遇賊於瓦窯鋪，其時正大風雨，昏黑莫辨，混戰到五更時分，撚匪看見官軍四面包圍，無路可逃，于是“縱火焚屋，冀乘之以逸”。
官軍冒火沖進，吳毓蘭在火光中看見一個“騎馬老賊手黃旗指揮”，知道他是撚匪頭目，就連發數槍，把他連人帶馬，擊倒在地。
擒獲一問，才知是逆首僞遵王賴汶光。
如果照此一報，生擒賴汶光的功勞以吳毓蘭為首，就會沖淡了劉銘傳他們的戰功，所以李鴻章出奏，極力表揚劉銘傳等人的戰功，以及一路南追，如何奮勇，以緻賴汶光窮無所歸，然後把吳毓蘭輕描淡寫提一筆，仿佛劉銘傳打到那個樣子，賴汶光已經半死不活，随便什麼人都可以把他抓住。
到了年底，京裡賞功的谕旨頒到了，膺懋賞的第一個是劉銘傳，賞給三等輕車都尉，其次是李鴻章、郭松林、楊鼎勳、善慶，都賞次輕車都尉一等的騎都尉世職。
所不同的是，李鴻章原已封了伯爵，加給騎都尉的世職，便有兩個兒子可以承襲，同時伯爵并有别的世職，承襲的次數便可加多，隻要大清朝皇祚綿長，李鴻章的第十九代子孫，也還是“肅毅伯”，不過此刻他連一個兒子都還沒有。
最“實惠”的是潘鼎新和張之萬等人，都賞了頭品頂戴。
此外淮軍出力将領，以及與剿治東撚直接有關的大員，無不連帶叨恩。
曾國藩和安徽巡撫英翰，也是賞給世職，丁寶桢和曾國荃都開複了革職的處分，比較委屈的是劉長佑，當過“疆臣之首”的直隸總督，被革了職降為三品官兒，此刻亦不過賞加二品頂戴。
但最委屈的卻是吳毓蘭，上谕上根本就不提他的名字，更談不到獎賞。
這使得李鴻章很不安，他心裡明白吳毓蘭雖未生擒賴汶光，而賴汶光卻非吳毓蘭不降，倘或賴汶光潛逃無蹤，或者悄悄自盡，生死成謎，東撚就不能算是全部肅清，這一層關系到全局的結果，他不能不承認吳毓蘭的功績。
于今賞功诏令，獨獨吳毓蘭向隅，怕他心裡不平，把實際情形散播出去，會引起很大的糾紛，所以急着要加以安撫。
于是他又派了一名幕友，專程到揚州去看吳毓蘭。
出人意表的是，吳毓蘭的态度異常平靜，絲毫沒有怏怏不滿之意。
屏人密談，那名幕友表達了李鴻章的關切和安慰，說吳毓蘭受了委屈，希望不必介意，等一過了年，李鴻章就會保他，好歹要給他弄一個實缺。
“多謝爵帥的美意。
”吳毓蘭答道，“我亦不敢貪天之功。
反倒是這樣子，能讓我安心過個年。
”
還怕他是矯情，那幕友不能不問一問明白：“這倒有請教。
”
“說句實話，賴汶光總算看得起我，拿他的性命來換我的頂戴，自覺不是滋味。
”
李鴻章的幕友，自然都是很讀了些書的，能夠體會吳毓蘭的心境