史念祖又年輕英爽，所以極受“旗下大爺”出身的英翰的賞識。
每次軍功保案都有他的分，年未三十就做到直隸臬司，但年少氣盛，不知怎麼得罪了言官，奏劾他“不堪方面”。
象這樣的彈章，照例下督撫察複，直隸總督是曾國藩，認為史念祖雖有才幹，尚少曆練，宜乎暫緩任事，于是被開缺成了閑員。
光緒初年，由于董恂的援引，史念祖放了甘肅臬司，左宗棠也是愛才的人，對他亦頗稱許。
但史念祖少年得意，不免驕慢，其時他折節讀書，已寫得一手極好的古文，越發視督撫将相如無物。
左宗棠一直以諸葛武侯自命，好谀惡直，戰功亦多誇誇其詞。
史念祖在人背後常有譏評，不但形諸口頭，而且見諸筆墨，日子一久，為左宗棠知道了，大為不悅，便借一件公事，說他“避事取巧，應候查參”。
這時左宗棠剛要從蘭州啟程入京，史念祖心想，入觐之日，兩宮太後當然會問到陝甘的吏治，左宗棠隻要說一聲：“史念祖性近浮滑，不堪其任”，用不着具折，就會毀了自己的前程。
因而要搶先進京活動，正好三年之期，可以奏請陛見，于是具折請總督代奏。
左宗棠隻當他去活動調任，而且照例奏請，亦不便攔阻，就為他代奏，自然照準。
于是史念祖兼程北上，等左宗棠到京，他已經事畢出都，在山西等候消息。
他看得很準，左宗棠雖想提拔楊昌濬，打算保薦他由護理總督而真除，而朝廷未見得會準，到京走董恂的門路一打聽，果然，陝甘總督已經内定由曾國荃接任。
史念祖在山西等候消息，就是為了好等着伺候新任總督。
不久，曾國荃的新命一下，史念祖也仍舊回任當他的甘肅臬司。
得意之餘，在太原寫了一封信給左宗棠，表面是報告行蹤，字裡行間卻流露出“奉旨回任，其奈我何”的意思。
左宗棠這一氣自然不小，上了個折子，指史念祖種種不端，請旨饬“護督”楊昌濬查案，據實參劾。
左宗棠的這個奏折，已經遞了上去，并且已經發交軍機核議。
恭王正為此在為難，所以聽了左宗棠的話，心存警惕，将寶鋆找到一邊去商議。
“史念祖是奉旨回任的，而且剛剛陛見過，如果不中用，朝廷當面察問，早該知道，現在又準了他的折子，交楊昌濬查參，這象話嗎？”
寶鋆本來對左宗棠極其仰慕，但此時已非贈詩推崇的心情，不過十幾天的工夫，發覺左宗棠天生是不合群的人，心目中隻有自己，并無同僚，印象大壞。
因而附和恭王的看法，連連點頭。
“這當然要駁……。
”
“當然要駁！”寶鋆搶過來說，“也挫挫他的驕慢之氣。
”
“我話還沒有完。
”恭王說道，“駁是要駁，但又不宜掃他的面子。
你看怎麼辦？”
寶鋆想了一會答道：“辦法倒是有一個，不過，又開一惡例。
”
“怎麼呢？”
“隻有把他這個折子‘淹’了。
”
所謂“淹”了，就是請太後将奏折“留中不發”，這是明朝留下來的最壞的一種制度，如果君上動辄“留中”，則谏勸不納，實情不明，國事非敗壞不可。
恭王當年制抑慈禧太後擴張權力，所用的手法之一，就是力争奏折須發交軍機處，現在自請“留中”，豈非開一惡例。
可是他的英銳之氣，消磨得也差不多了！想了一會，歎口氣說：“就這麼辦吧。
”
“那麼，先‘遞牌子’？”
“好！”
軍機每日常例召見，隻由太監傳喚，單獨請見，才遞“綠頭簽”。
慈安太後當然即時“叫起”，上去三言兩語說好了，才召其他軍機大臣全班進見。
軍機獨重首輔，是左宗棠所知道的，所以在班裡倒也不敢越次奏對。
他心裡在想，提到自己這個奏折，當然要問詳情，那時再将史念祖種種貪墨狡猾的情形，細細面奏，說不定即時降旨，革職查辦。
正在這樣想着，已經談到了，“史念祖這個案子，”慈安太後說道：“擺着再看一看。
”
“是！”恭王很快地答應一聲，随即領頭跪安，全班退出。
不但左宗棠的折子被“淹”了，連他的話亦被“淹”掉了。
而他自己還不明白，回到軍機處問寶鋆：“佩公，我那個折子，如何着落？”
“這當然是‘留中’了。
上頭是因為你的面子，不便處置，隻好這麼辦。
不然，你想，史念祖是奉旨回任的……。
嘿，嘿！”寶鋆幹笑了兩聲，損了他一句：“侯爺，你也得替朝廷留點面子啊！”
左宗棠默然。
到了七十歲才知道，督撫權重，隻是在封疆上，到了朝裡，便全不是這麼一回事。
于是，他第二天便帶着人去看京畿的水利了。
這也是左宗棠預定要辦的兩件大事之一。
第一件是訓練旗兵，早在他從蘭州啟程以前，就有個奏折，要帶親軍步營馬隊兩千餘人入關，先駐紮張家口，聽候調遣，移營近畿，一則拱衛京師，再則代為訓練旗兵。
這所謂旗兵，指明是健銳營、火器營，因為神機營已複由醇王親自管理，有專設的練兵人員，左宗棠不敢冒昧越俎。
就是健銳、火器各營，他奏折中亦先大大地恭維了一番，說是“八旗禁旅，拱衛神京，居重馭輕，有嚴有翼”，又說健銳、火器各營，”尤稱精練，材武之彥，多出其中，宿将名臣，指不勝屈”，但“承平日久，