上文第四章所講的調和功夫，雖然把調身、調息、調心三者并說，仍偏重在身的方面。第五章所講止觀法門，則偏重在心的方面。這章“六妙”法門，則着重在息的方面。息是生命的本源，假如一口氣不來，那時身體便是個死物，神經不再有反射作用，心也死了，生命就此完結。惟有依靠這息，把身心兩者聯結起來，方能維持這個生命。鼻孔氣體的出入就依靠這個息。我們肉眼雖然看不見氣體，而氣體确是有形質的，有形質就是物。既是物，那就屬于身體的一部分。我們知道，息有出入，能夠知道的就是心，它屬于精神的一部分。可見這息所以能夠聯結身心，就因為它的本身也是身心一部分的緣故。
六妙法門專教人在這個息上用功，是靜坐徹始徹終的方法。學者修習止觀以後，進修這法固然可以，就是沒有修習止觀，一直學這法門，當然也可以的。
六妙門有六個名稱：一數、二随、三止、四觀、五還、六淨。什麼叫數呢？就是數息。數有兩種：（1）修數：學者入坐後應先調和氣息，不澀不滑，極其安詳，徐徐而數，從一數至十。或數入息，或數出息，聽各人的便，但不應出入都數。心注在數，勿令馳散，若數不到十，心忽他想，應該趕速收回，從一重新數起，這叫“修數”。（2）證數：數息日久，漸漸純熟，從一到十，自然不亂，出息入息，極其輕微，這時覺得用不着數，這叫“證數”。
此後應該舍數修随，随也有兩種：①修随：舍掉前面數法，一心跟随息的出入，心随于息，息也随于心，心息相依，綿綿密密，這叫“修随”。（2）證随：心既漸細，覺息的長短可以偏身毛孔出入，意境寂然凝靜，這叫“證随”。久而久之，又覺得随息還是嫌粗，應該舍随修止。
止也有兩種：（1）修止，不去随息，把一個心，若有意若無意止于鼻端，這叫作“修止”。（2）修止以後，忽然覺得身心好像沒有，泯然入定，這叫“證止”。用功到這地步，學者應知定境雖好，必須用心光返照，令它明了，不著呆于止，這時應該修觀。
觀也有兩種：（1）修觀：這時于定心中細細審視，微細的息出息入，如空中的風，了無實在，這叫“修觀”。（2）如是觀久，心眼開明，徹見息的出入已周偏全身毛孔，這叫“證觀”。此處止、觀兩法雖然與上章的止觀名字相同，而意義略異。因為上面所說止觀是從心下手的，這裡的止觀是從息下手的。修觀既久，應該修還。
還也有兩種：（1）修還：我們既然用心來觀照這息，就有能觀的心智，所觀的息境。境與智對立，是相對的，不是絕對的，應該歸還于心的本源，這叫“修還”。這能觀的心智是從心生，既從心生應随心滅。一生一滅，本是幻妄，不是實在。須知心的生滅，好比水上起波，波不是水，波平方見得水的真面目。（2）心的生滅，一如波浪，不是真心，應觀真心本自不生，不生故不有，不有故即空，空故無觀心，無觀心也就沒有觀境，境智雙亡，這叫“證還”。既證已，尚存一還相，應當舍還修淨。
修淨也有兩種：（1）修淨：一心清淨，不起分别，這叫作“修淨”。（2）證淨，心如止水，妄想全無，真心顯露，也不是妄想以外另有個真心，要知返妄就是真，猶如波平就是水一樣，這叫“證淨”。
以上六妙門，數與随為前修行，止與觀為正修行，還與淨為修行的結果。因此六門中間以止為主，觀隻是幫助這個止，叫它了了明明，然後能夠得到還與淨的結果。