如今的第一高等學校。
與他同期入學的有夏目漱石、正岡子規、秋山真之等一衆其後赫赫有名的人物。
但熊楠卻就讀一年便早早辍學，對外公開的理由是因病，實則是代數科目不理想，落榜退學。
熊楠于1886年2月退學，同年12月留學于美利堅密歇根州州立農業大學[即密歇根州州立大學。
]，卻同樣未待上些許時日便退學。
傳聞的理由是他拒絕接受倫理課教學。
“熊楠賢弟，總算是尋到我們倆不同的地方了。
”孫文聞知熊楠如此厭惡自己的信仰，也不争辯，仍是一張笑盈盈的臉，他對此早已習慣了。
“逸仙呀，我承認你這個人，可不意味着我承認你信教，還接受了洗禮。
”孫文被這樣說教也不是一次兩次了，言者甚至有自己的至親。
這時，他總是會回答道：“信仰嘛，是個人問題，是天主與我孫某的問題，容不得他人介入。
相對的，我也不會對他人的信仰說三道四。
”
熊楠聽了這番陳述後，贊同道：“對頭，對頭，逸仙此言甚得我意！那密歇根大學便不懂這理，犯了我的忌諱！你說你好好一個農業大學，乖乖教你的細胞培育不就得了。
”
就是這份敢說敢言的豪氣，太投孫文的意了。
若是再加上一份俠氣，便是孫文對終身摯友的标準了。
豪氣與俠氣，這是孫文結交友人的關鍵詞。
這便是兩人能要好到食同席、寝同榻的原因了。
要形容兩人的關系密切到何等地步，甚至有人懷疑熊楠在孫文手下從事着秘密工作。
羅豐祿接任倫敦的清國公使後，對孫文的監視仍未懈怠。
據私家偵探統計出的數字，孫文在長達九個月的倫敦生活中，單是與南方熊楠的私會便有四十次之多。
大英博物館圖書閱覽室每日承客約三百餘人，于此相知相識的友人不在少數。
孫文與南方早先便是點頭之交了，要說正式開始交流，還虧得博物館的東洋典籍部主任道格拉斯的介紹。
其後，南方在寫給柳田國男的書信中，曾提及如下一個片段。
在某次攀談中，孫文問及熊楠：
——熊楠兄今生有何目标？
——但願能盼來我等東洋人将西洋人驅逐出境之日。
熊楠反問，孫文答曰“革命”。
“革命”一詞英譯“Revolution”，但孫文好用“Reform”。
前者指純粹的武裝變革，後者卻蘊含“改良”之意，換言之，便是“改革”。
在《中國的現在與未來》一文中，孫文亦自稱“改革黨”（TheReformParry），望英政府持友好中立态度。
一同用餐，一同遊玩，意氣相投的兩人要好到形影不離。
每每有人表示好奇，南方總是答道：“能與我南方熊楠論菌者，問世間隻有孫逸仙一人爾。
”
這倒真不是捧孫文，想當年在西醫書院時，孫文的細菌學成績可是首屈一指。
孫文将滿腔熱血化作革命激情，對同懷熱血之人本能地親近。
将洋人皆驅逐出境！——如此的豪言壯語，絕非南方一時口快。
出于謹慎，孫文面無表情地瞟了眼周邊。
南方見孫文此舉，壓低聲音道：“孫醫生亦有所察覺了？自昨兒起，便有個華人男子三番五次地出現在我們周邊。
”
孫文不露痕迹地點頭，答道：“孫某也是剛察覺不久。
昨日他也跟蹤我們了嗎？”
孫文如何會認不得此人，密探周榕是也。
周榕當時表示要在美利堅多滞留一段時日，他很有可能是囚禁事件結束後，才抵達的倫敦。
南方費解