僞軍警計有6萬餘人，其中日軍有關東軍獨立守備隊第5、9、21、7、8、4等6個大隊，後又增加19、20兩個大隊，另有20個無線電分隊。
各大隊還分别有由憲兵部配備的日本憲兵多名。
總計日軍兵力為6400餘人。
參加“讨伐”的僞軍有：第2軍管區的步兵第2旅、騎兵第2旅、第2教導隊，第8軍管區的第1、第2、第3混成旅、第8教導隊，第6軍管區的1個旅，第7軍管區的1個旅，第1軍管區的步兵第5團，以及通信部隊與汽車隊等，總計有兵力2.5萬餘人。
參加“讨伐”的僞警察隊有：通化省警察隊（分10個“讨伐”隊）、間島省警察隊（分5個讨伐隊）、吉林省警察隊（分14個讨伐隊）、牡丹江省警察隊、間島特設隊以及僞通化省全部9縣、僞間島省全部5縣，僞吉林省的磐石、桦甸、敦化、蛟河、舒蘭等縣和僞牡丹江省甯安縣的警察隊。
還有僞通化、間島、吉林三省及下屬各縣由警察組織的特别搜查隊。
此外，還有東南部地區的各僞森林警察隊、僞新京警察學校的學兵隊、僞營口海上警察隊的兩架飛機，以及僞錦州、奉天、濱江等省的警察增援隊，共計有警察隊約3萬餘人。
這次“三省聯合大讨伐”，日僞仍然采取“治标”與“治本”和“思想工作”相結合的辦法進行。
在“治标”方面，以日軍為主，僞軍則受日軍部隊長直接指揮，同時又利用各省的大批僞警察隊參加軍事“讨伐”。
在“讨伐”中，将被“讨伐”的區劃分為東、南、西、北、東北5個地區。
其中“南地區”包括僞通化省全部，“西地區”包括僞吉林省東部（即吉林地區），都是抗聯第1軍活動的區域。
各“讨伐”區都以日本獨立守備隊某大隊為首，指揮僞軍、僞警察隊等兵力，分别以東北抗聯第1路軍在該地區活動的部隊為主要目标進行瘋狂“讨伐”。
在“讨伐”中采取分兵包圍、輪番掃蕩、來回拉網、尾追到底的戰術，逼迫抗日武裝與之頻繁交戰，不得休整，妄圖把抗聯第1路軍等各部隊分割吃掉。
這次“三省聯合大讨伐”原來計劃分為3個階段。
1939年10月至1940年4月為第一階段，“讨伐”的重點為僞通