化省各縣和僞吉林省的桦甸縣。
主要目标是東北抗聯第1路軍司令部、警衛旅及第1方面軍。
1940年4月至9月為第二階段，日僞軍進行了“春夏季讨伐”，“讨伐”的重點分别為僞間島省的安圖、和龍、汪清，僞牡丹江省的甯安、東甯，僞吉林省的舒蘭、僞濱江省的五常等地，主要目标分别為東北抗聯第1路軍第2方面軍、總司令部、警衛旅和第3方面軍。
1940年9月至1941年3月為第三階段，在第一、二階段“讨伐”的基礎上，積極追擊抗聯1路軍3個方面軍剩餘部隊，破壞其越冬準備工作，以分區“讨伐”消滅抗日部隊，鞏固地區治安。
除了瘋狂的軍事“讨伐”之外，日僞還在這次“三省聯合大讨伐”期間，在“讨伐”地區加緊進行一系列所謂“治本”和“思想工作”，實施一系列反動政策和措施。
主要内容有以下幾個方面：
第一，加緊推行所謂“匪民分離”政策。
一是進一步強化保甲連坐制度，如發現一人“通匪”，則全家斬首，鄰裡之人也均要被處以罰金。
為了鼓勵鄰裡之間互相監視，又規定如果事先告發與抗日聯軍有聯系的人，則可以減免罰金。
二是進一步強化“集團部落”政策，繼續在僞通化、吉林、間島等省增建“集團部落”，加強其防衛設施。
此外，日僞還于1939年6月，由僞治安部派出50餘名指紋管理技術人員到“讨伐”地區，協助辦理發放按有指紋的居民證，以便在“讨伐”中随時檢查民衆，防止抗日武裝人員藏匿在民衆之中。
第二，對抗日聯軍加緊經濟封鎖，斷絕糧道。
日僞除在全僞滿對糧食供應實行統制，不準交易外，在“讨伐”區内，還對糧食與生活必需品實行專賣配給制，每次配給居民的糧食等物，僅夠居民用兩三天的，以此來防止抗聯人員從民衆中得到糧食和生活用品。
1939年和1940年兩年間，每年從8月中旬至10月初，都強迫“讨伐”區的農民不等莊稼成熟就提前收割，然後把收割完的莊稼，集中運到指定地點由軍警看守，以防止糧食流入到抗聯人員手中。
第三，加緊整修警備道路、警備通信設施。
在一年半大“讨伐”期間，日僞當局在僞通化、吉林、間島三省新增修