【論文】
二?二叁叁 有義：種子各有二類：一者、本有，謂無始來異熟識中，法爾而有生蘊、處、界功能差別。
【疏翼】
第七新熏本有分別中，第叁師說各有二類。
二類各有四文。
今先敘本有立宗及引證，後敘新熏立宗及引證。
此本有立宗文也。
【述記?卷十叁】
第叁師說、護法自意，難破前師，有漏無漏各有二類。
于中有四︰一、立宗，二、引證，叁、破斥，四、總結。
此即初也，此文即是出種子體。
【論文】
二?二叁四 世尊依此，說諸有情，無始時來，有種種界，如惡叉聚，法爾而有。
餘所引證，廣說如初，此即名爲本性住種。
【疏翼】
第一總標二類先解本有中，第二引經證成。
【述記?卷十叁】
自下、引經。
此引經證同護月也，法爾有故。
【疏翼】
以上第叁師第一總標二類先解本有中，第一立宗、第二引證訖。
【論文】
二?二叁五 二者、始起，謂無始來數數現行，熏習而有。
【疏翼】
第叁師各有二類中，第二解新熏。
文亦有二︰一、立宗出體，二、引經證成。
此即初文。
【述記?卷十叁】
此、出種體。
【論文】
二?二叁六 世尊依此，說有情心染、淨諸法所熏習故，無量種子之所積集。
諸論亦說染、淨種子由染、淨法熏習故生，此即名爲習所成種。
【疏翼】
第叁師各有二類第二解新熏中，第二引經證成。
【述記?卷十叁】
此、引經證。
于中不言如前引證，此後自會。
由彼亦有非新熏證，故不[1]指也[2]，新熏生故。
【疏翼】
以上本有及新熏中，各自第一立宗及第二引證訖。
【論文】
二?二叁七 若唯本有，轉識不應與阿賴耶爲因緣性。
【疏翼】
第叁師各有二類第二解新熏義中，第叁破斥。
其中亦先難本有，後難新熏。
此即先難本有也。
【述記?卷十叁】
自下第叁、破斥有二︰先難本有，後破新熏。
難本有中有二︰初、引經成理難，後、結違諸教難。
引經成理中有五[3]，初總標彰難意也，至下當知。
【論文】
二?二叁八 如契經說：諸法于識藏，識于法亦爾，更互爲果性，亦常爲因性。
【疏翼】
第叁先破斥本有引經成理中，第二引教成前理。
【述記?卷十叁】
第二、引教成前理，此引[4]《阿毗達磨經》也。
「諸法于識藏」能攝藏也，謂與諸識作二緣性︰一、爲彼種子，二、爲彼所依[5]；謂諸轉識與阿賴耶，亦爲二緣︰一、于現法長養彼種，二、于後[6]法攝植彼種；互相生故，所生爲果，即顯互亦能爲因也[7]。
故「常」言，亦通果，常爲果故[8]。
于果說「互」，于因說「常」，影略故也。
如《攝大乘》第二卷說[9]，《瑜伽師地論》[10]五十一中，廣說其相[11]。
【論文】
二?二叁九 此頌意言：阿賴耶識與諸轉識，于一切時，展轉相生，互爲因果。
【疏翼】
第叁先破本有引經前理中，第叁釋頌顯前征。
文分爲四︰一、釋頌意，二、成因緣理，叁、舉增上緣喻因緣義，四、唯此二爲因緣。
此即初文。
【述記?卷十叁】
第叁、釋頌顯前征，總釋頌意[12]。
【論文】
二?二四○ 《攝大乘》說：阿賴耶識與雜染法，互爲因緣。
【疏翼】
第叁釋頌顯前征中，第二成因緣理。
【述記?卷十叁】
成因緣理，此猶未顯。
何以得知互爲因緣是此經意？「雜染法」通叁性，即一切有漏法[13]，餘七識品既爲能熏，亦所生故，互爲因緣。
【論文】
二?二四一 如炷與焰，展轉生燒；又如束蘆，互相依住。
【疏翼】
第叁釋頌顯前征中，第叁舉增上緣喻因緣義。
【述記?卷十叁】
舉增上緣喻因緣義。
如燈炷與燈焰展轉生燒[14]，由炷生焰，如種生現；由焰燒炷，如現熏種，故名「展轉」。
此顯叁法[15]，如蘆相依，爲俱有因，二法爲喻，喻因緣義。
【論文】
二?二四二 唯依此二，建立因緣，所餘因緣不可得故。
【疏翼】
第叁釋頌顯前征中，第四唯此二爲因緣。
【述記?卷十叁】
唯種與現，實名因緣，除此，所[16]餘因緣無故，不以現行七識望第八現爲因也，但取種子望彼[17]爲因，種子得爲因緣[18]。
又此中望體，因緣體盡[19]。
若望果別，亦有種子生于種子，豈非因緣？由是，此中但約體說，又說不盡，不說無漏故[20]。
【疏翼】
以上第一引經成理中，第叁釋頌顯前征訖。
【論文】
二?二四叁 若諸種子不由熏生，如何轉識與阿賴耶有因緣義？
【疏翼】
第叁引經成理中，第四結上無因難。
【述記?卷十叁】
第四、結上無因難。
由唯本有，即二相[21]望無因緣義。
【論文】
二?二四四 非熏令長，可名因緣，勿善、惡業與異熟果，爲因緣故。
【疏翼】
第叁先破本有引經成前理中，第五重破外伏救。
【述記?卷十叁】
若彼救言但熏增長，名曰因緣。
第五、重破外伏救[22]。
初之二句、牒彼計非，次[23]叁句、難。
「勿善惡業與異熟果爲因緣故」，汝言諸法各但一種[24]，若異熟果因，但一種生，善、惡業現行熏果[25]種增時，善、惡業與果應爲因緣故；又汝若言善、惡業體是一種生，異熟果體是一種生，各[26]一種者，而異熟果，現不自熏，但善、惡業現行熏令果種增長，其果[27]種本有，業于果種能令增長，應名因緣，如自業種。
但令增長，爲因緣故[28]，或複業種增名言種，應是因緣[29]，既非因緣，故非增長名曰因緣。
果種[30]如業種，亦增長故，故非唯本有，亦有新熏。
若爾，設俱新熏，豈俱新起，俱名因緣？並新生故[31]。
此難不齊，如無記心熏無記種。
複善、惡業自熏自種，親辦體故，故是因緣。
但緣資彼無記種子，故非因緣。
汝之種子俱不辦體，但資增長，不辦體齊，故應俱是因緣攝也。
然觀本意，後解是本[32]。
今難本意︰由是義顯應一切[33]諸現行望本有種，不名因緣，熏增長故[34]。
此本有種唯以自類爲其因緣。
既爾，此因應不生現！有新起種生故[35]，此義應思[36]！然以生種，類同于新，亦因緣攝[37]。
不同本有，故彼非因緣[38]。
【疏翼】
以上第叁破斥本有中，第一引經成前理訖。
【論文】
二．二四五 又諸聖教，說有種子，由熏習生。
皆違彼義，故唯本有，理、教相違。
【疏翼】
第叁師第叁破斥本有中，第二結違教難。
【述記?卷十叁】
此下第二、結[39]違多經失。
違聖教說種由熏生，故與理教俱相違也。
前者違理[40]，後違教故[41]。
【疏翼】
以上解本有新熏義第叁破斥中，先破唯本有訖。
【論文】
二．二四六 若唯始起，有爲無漏，無因緣故，應不得生。
【疏翼】
第叁師解本有新熏義第叁破斥中，第二破唯新熏。
文分爲五，初正難唯新熏本宗中，又分爲叁︰一、正難無漏不生，二、破救申理，叁、有漏生無漏二失。
此即初文。
【述記?卷十叁】
自下第二、難唯新熏。
此下第二破立新熏，于中有五︰一、正難本宗，二、乘因廣破分別論者，叁、申正義，四、釋相違，五、總結。
此下[42]即初也。
「有爲無漏」，即見道等，無本有種，無因緣故，應不得生。
量雲︰汝初無漏，應不得生。
無因緣故。
如兔角等。
【論文】
二．二四七 有漏不應爲無漏種，勿無漏種，生有漏故！
【疏翼】
第二第叁師正難唯新熏本宗中，第二破救申理。
【述記?卷十叁】
若彼救言：以世第一法爲其因緣[43]，有漏法中此爲勝故，此義不然。
此二相違，如何有漏爲對治因？應無漏法爲有漏因！今以理征：若有漏生無漏，應無漏生有漏！許漏、無漏得相生故，如有漏善生于無漏；無漏既不得生于有漏，爲相違者，如何有漏生于無漏？此初無漏，許無因緣亦有何妨？
答曰︰不然。
佛說無一法非因緣生故，若無因生，便非釋種。
立量雲︰汝初無漏心，應無漏種爲因緣生。
體是有爲無漏法故。
如後無漏法。
【論文】
二．二四八 許應諸佛有漏複生，善等應爲不善等種。
【疏翼】
第一正難唯新熏本宗中，第叁有漏生無漏二失。
【述記?卷十叁】
若許有漏生無漏，則無漏生有漏。
許，便諸佛有漏複生。
此中亦有有學聖者等對治，生有漏。
然以世尊全是無漏，故但舉之，非餘無也。
外曰︰不然。
以勝劣故，劣可爲勝因，勝非劣因。
若爾，不善應爲善因！又若相違得爲因者，善等應爲不善等種[44]！小乘可爾，爲同類因[45]；大乘不然，故以爲難。
【疏翼】
以上第二破唯立新熏中，第一正難唯新熏本宗訖。
【論文】
二．二四九 分別論者雖作是說：心性本淨，客塵煩惱所染汙故，名爲雜染；離煩惱時，轉成無漏；故無漏法非無因生。
【疏翼】
第二第叁師破唯立新熏中，第二乘因廣破分別論者。
【述記?卷十叁】
自下第二、破分別論。
諸邪分別，皆名「毗婆阇婆提」[46]。
即大衆、一說、說出世、雞胤四部，因诤無漏無因緣故，今亦敘破[47]。
本即大乘唯[48]說新熏，心混[49]師等名「分別論」，亦作是說[50]。
于中有叁︰初、敘宗，次、破他，後、自解。
此、初也。
彼計無法爾種[51]，心性本淨，離煩惱時，即體清淨，爲無漏因。
如乳變酪，乳中有酪性，水中火，亦然，此立宗也。
《無垢稱經》[52]亦有此說。
【論文】
二．二五○ 而心性言，彼說何義？
【疏翼】
第二乘因廣破分別論者中，第二破他。
【述記?卷十叁】
次、論主問，下破他也。
于中有二︰初、問彼經意，後、別以理征。
此問經意[53]。
【論文】
二．二五一 若說空理，空非心因，常法定非諸法種子。
【疏翼】
第一問彼經意中，第二別以理征。
于中有二，第一空理非因難，文又分二︰一、常法非因，二、申理。
此即初中初文。
【述記?卷十叁】
下、別征。
于中[54]有二︰初、空理非因難，後、起心非淨難。
此即初也。
此中「空理」，即是真如，空非心因，常非種子故。
【論文】
二．二五二 以體前後，無轉變故。
【疏翼】